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- PDB-4es9: Crystal Structure of the adhesin domain of Epf from Streptococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4es9
タイトルCrystal Structure of the adhesin domain of Epf from Streptococcus pyogenes in P21
要素Epf
キーワードCELL ADHESION / carbohydrate-binding module / fibronectin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1240 / Immunoglobulin-like - #3580 / Domain of unknown function DUF1542 / Domain of Unknown Function (DUF1542) / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative extracellular matrix binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Linke, C. / Siemens, N. / Kreikemeyer, B. / Baker, E.N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Extracellular Protein Factor Epf from Streptococcus pyogenes Is a Cell Surface Adhesin That Binds to Cells through an N-terminal Domain Containing a Carbohydrate-binding Module.
著者: Linke, C. / Siemens, N. / Oehmcke, S. / Radjainia, M. / Law, R.H. / Whisstock, J.C. / Baker, E.N. / Kreikemeyer, B.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the adhesion domain of Epf from Streptococcus pyogenes
著者: Linke, C. / Siemens, N. / Middleditch, M. / Kreikenmeyer, B. / Baker, E.N.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epf
B: Epf
C: Epf
D: Epf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,1974
ポリマ－143,1974
非ポリマー00
水18,6461035
1
A: Epf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7991
ポリマ－35,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Epf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7991
ポリマ－35,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Epf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7991
ポリマ－35,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Epf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7991
ポリマ－35,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.080, 117.134, 73.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Epf


分子量: 35799.207 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: M49 591 / 遺伝子: SpyoM01000212 / プラスミド: pASK_IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3BY62*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1035 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 23 % (w/v) PEG3350, 200 mM K Acetate, pH 7.4, 0.02 MG/ML CHYMOTRYPSIN (Type VII, TLCK-treated, Sigma-Aldrich), temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.042 Å / Num. all: 76117 / Num. obs: 76117 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.113.70.4411.741558112290.44199.2
2.11-2.243.80.3212.340123106100.321100
2.24-2.393.80.272.738005100310.2799.9
2.39-2.583.80.2143.53516692770.21499.9
2.58-2.833.80.1584.73212785530.15899.5
2.83-3.163.70.1186.12827876390.11897.9
3.16-3.653.60.0877.92357065140.08794.8
3.65-4.473.60.0739.41971354870.07394.3
4.47-6.323.60.0649.91579043730.06496.7
6.32-19.7273.70.04414.8899924040.04495.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.73 Å
Translation2.5 Å19.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ES8

4es8


解像度: 2→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9412 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9192 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 3809 5.01 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1742 76089 --
原子変位パラメータBiso max: 112.73 Å2 / Biso mean: 31.1259 Å2 / Biso min: 12.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4272 Å20 Å26.0026 Å2
2---3.0137 Å20 Å2
3---0.5865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.211 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9460 0 0 1035 10495
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4731SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes296HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1367HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9696HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1289SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11180SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9696HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13042HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.84
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 266 4.71 %
Rwork0.2074 5385 -
all0.2095 5651 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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