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万見
- PDB-4xyi: Mis16 with H4 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xyi
タイトルMis16 with H4 peptide
要素
  • Histone H4
  • Kinetochore protein Mis16
キーワードCHAPERONE / Centromere / CENP-A / kinetochore / Mis18 complex / histone
機能・相同性
機能・相同性情報


CENP-A recruiting complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / CENP-A containing chromatin assembly / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / histone binding / chromatin remodeling ...CENP-A recruiting complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / CENP-A containing chromatin assembly / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / histone binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Kinetochore protein Mis16
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces japonicus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者An, S. / Kim, H. / Cho, U.-S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Mis16 Independently Recognizes Histone H4 and the CENP-ACnp1-Specific Chaperone Scm3sp.
著者: An, S. / Kim, H. / Cho, U.S.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_radiation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein Mis16
B: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8832
ポリマ－59,8832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.226, 136.226, 65.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein Mis16


分子量: 48462.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces japonicus (strain yFS275 / FY16936) (酵母)
株: yFS275 / FY16936 / 遺伝子: SJAG_03867 / プラスミド: pFastBac HTb / 細胞株 (発現宿主): Hi-5
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: B6K598
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11420.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Schizosaccharomyces japonicus (strain yFS275 / FY16936) (酵母)
参照: UniProt: B6JV96

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.5 M disodium phosphate 0.5 M dipotassium phosphate 0.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14170 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XYH

4xyh


解像度: 3→39.325 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1426 10.06 %Random selection
Rwork0.1997 ---
obs0.2028 14170 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3079 0 0 0 3079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4614292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3081132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.09510.39431320.33611261X-RAY DIFFRACTION98
3.0951-3.21890.36981420.28161236X-RAY DIFFRACTION99
3.2189-3.36540.31731340.25071273X-RAY DIFFRACTION100
3.3654-3.54270.22881430.21181253X-RAY DIFFRACTION100
3.5427-3.76450.21541470.19021279X-RAY DIFFRACTION100
3.7645-4.05490.26271440.19471269X-RAY DIFFRACTION100
4.0549-4.46240.1891410.16081282X-RAY DIFFRACTION100
4.4624-5.10690.15531420.14371286X-RAY DIFFRACTION100
5.1069-6.42970.23031460.18951287X-RAY DIFFRACTION100
6.4297-39.32840.21031550.20331318X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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