+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m10 | |||||||||
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Title | Substrate-free form of Arginine Kinase | |||||||||
Components | Arginine kinase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Alpha-beta / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Guanidino kinase / Phosphagen kinase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Limulus polyphemus (Atlantic horseshoe crab) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.727 Å | |||||||||
Authors | Yousef, M.S. / Clark, S.A. / Pruett, P.K. / Somasundaram, T. / Ellington, W.R. / Chapman, M.S. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Arginine kinase: joint crystallographic and NMR RDC analyses link substrate-associated motions to intrinsic flexibility. Authors: Niu, X. / Bruschweiler-Li, L. / Davulcu, O. / Skalicky, J.J. / Bruschweiler, R. / Chapman, M.S. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2010 Title: De-icing: recovery of diffraction intensities in the presence of ice rings. Authors: Chapman, M.S. / Somasundaram, T. #2: Journal: Protein Sci. / Year: 2003 Title: Induced fit in guanidino kinases--comparison of substrate-free and transition state analog structures of arginine kinase. Authors: Yousef, M.S. / Clark, S.A. / Pruett, P.K. / Somasundaram, T. / Ellington, W.R. / Chapman, M.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m10.cif.gz | 304.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3m10.ent.gz | 247.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m10.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3m10_validation.pdf.gz | 444.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3m10_full_validation.pdf.gz | 452.5 KB | Display | |
Data in XML | 3m10_validation.xml.gz | 36.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3m10_validation.cif.gz | 56.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m10 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1m15S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40249.758 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E103Q, D112G, G116A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Limulus polyphemus (Atlantic horseshoe crab) Plasmid: PET22B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P51541, arginine kinase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20 mg/mL protein, 26% PEG5000 MME, 0.1M MES, 0.1M (NH4)2SO4. Small crystals were used for macroseeding identical conditions, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2001 / Details: Bent conical Si Mirror (Rh-coated) |
Radiation | Monochromator: Bent Ge (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.727→28.513 Å / Num. all: 69678 / Num. obs: 65700 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 17.63 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.69 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.77 Å / Redundancy: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1M15 Resolution: 1.727→26.618 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.02 / Phase error: 25.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.1 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a free: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.727→26.618 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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