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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hav | ||||||
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Title | Structure of the streptomycin-ATP-APH(2")-IIa ternary complex | ||||||
![]() | Aminoglycoside phosphotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / aminoglycoside / streptomycin / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Young, P.G. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structures of substrate and nucleotide complexes of Enterococcus faecium aminoglycoside-2''-phosphotransferase-IIa [APH(2'')-IIa] provide insights into substrate selectivity in the APH(2'') subfamily. Authors: Young, P.G. / Walanj, R. / Lakshmi, V. / Byrnes, L.J. / Metcalf, P. / Baker, E.N. / Vakulenko, S.B. / Smith, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 164.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hamSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35398.238 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: 30% mPEG5000, 0.2 M MOPS/KOH pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 25, 2005 |
Radiation | Monochromator: LN cooled, double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→42.9 Å / Num. obs: 41774 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ham Resolution: 2.45→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 19.776 / SU ML: 0.242 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.568 / ESU R Free: 0.32 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.756 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→19.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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