PDB-4xxv: Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xxv

タイトル

Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkholderia thailandensis in complex with NAD

要素

3-isopropylmalate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / 3-isopropylmalate dehydrogenase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkholderia thailandensis in complex with NAD
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xxv.cif.gz	302.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xxv.ent.gz	241.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xxv_validation.pdf.gz	809 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xxv_full_validation.pdf.gz	811 KB	表示
XML形式データ	4xxv_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	4xxv_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iwhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z06-2 5j33-1 5t4g-d 1l8x-d 5no8-1 6a5n-d 6kdy-1 4qa2-d 2qw5-2 1obj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00092.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.350, 60.900, 105.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-434- HOH
2	1	B-580- HOH

詳細

biological unit is a dimer

#1: タンパク質	3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH 分子量: 39315.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: leuB, BTH_II0674 / プラスミド: ButhA.00092.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T7H6, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytics MCSG1 B7: 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170mM Ammonium acetate; ButhA.00092.a.B1.PS0xxxx at 12.64 mg/ml; the drop was overlayed with 5ul 5mM NAD in reservoir and soaked over night; ...詳細: Microlytics MCSG1 B7: 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170mM Ammonium acetate; ButhA.00092.a.B1.PS0xxxx at 12.64 mg/ml; the drop was overlayed with 5ul 5mM NAD in reservoir and soaked over night; cryo: direct; tray 257491b7, puck tiz0-3

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytics MCSG1 B7: 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170mM Ammonium acetate; ButhA.00092.a.B1.PS0xxxx at 12.64 mg/ml; the drop was overlayed with 5ul 5mM NAD in reservoir and soaked over night; ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月15日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 86107 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.32 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 30.23 / Num. measured all: 614892

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		3.4	0.91	0.286	4.18	18874	6529	5590	0.336	85.6
1.74-1.79			0.956	0.259	5.47	26836	6400	5776	0.29	90.2
1.79-1.84			0.97	0.222	6.27	27080	6176	5713	0.247	92.5
1.84-1.9			0.976	0.2	7.02	27428	6055	5711	0.223	94.3
1.9-1.96			0.984	0.134	10.84	27712	5819	5624	0.149	96.6
1.96-2.03			0.99	0.121	11.88	27929	5649	5556	0.135	98.4
2.03-2.11			0.993	0.098	15.32	28363	5460	5434	0.109	99.5
2.11-2.19			0.996	0.084	20.22	33362	5249	5229	0.091	99.6
2.19-2.29			0.997	0.071	26.99	35622	5054	5041	0.077	99.7
2.29-2.4			0.998	0.064	28.82	36167	4823	4781	0.069	99.1
2.4-2.53			0.999	0.054	34.35	37295	4613	4604	0.058	99.8
2.53-2.69			0.999	0.05	38.56	38245	4323	4314	0.054	99.8
2.69-2.87			0.999	0.045	47.49	42984	4119	4112	0.047	99.8
2.87-3.1			1	0.04	53.11	42378	3791	3786	0.042	99.9
3.1-3.4			1	0.032	63.38	39702	3542	3534	0.034	99.8
3.4-3.8			1	0.029	73.88	35276	3186	3175	0.031	99.7
3.8-4.39			1	0.025	86.24	31345	2834	2817	0.026	99.4
4.39-5.38			1	0.023	89.83	26547	2387	2381	0.024	99.7
5.38-7.6			1	0.028	76.29	20808	1883	1875	0.029	99.6
	7.6		1	0.021	97.52	10939	1075	1054	0.022	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure, 4iwh

4iwh

解像度: 1.7→43.612 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1738	2000	2.32 %	Random selection
R_work	0.149	84097	-	-
obs	0.1495	86097	96.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.38 Å² / B_iso mean: 15.7571 Å² / B_iso min: 4.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→43.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5356	0	62	975	6393
B_iso mean	-	-	13.76	28.13	-
残基数	-	-	-	-	711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	7642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.282	2099

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.2428	125	0.191	5268	5393	86
1.7425-1.7896	0.2408	132	0.1756	5556	5688	90
1.7896-1.8423	0.188	135	0.1722	5685	5820	92
1.8423-1.9018	0.2354	139	0.1745	5837	5976	94
1.9018-1.9697	0.178	142	0.1673	5970	6112	97
1.9697-2.0486	0.1723	145	0.1514	6081	6226	99
2.0486-2.1418	0.1644	146	0.1488	6150	6296	100
2.1418-2.2547	0.1851	148	0.1495	6196	6344	100
2.2547-2.396	0.1717	146	0.1523	6140	6286	99
2.396-2.581	0.1845	146	0.1457	6180	6326	100
2.581-2.8407	0.1967	148	0.1517	6194	6342	100
2.8407-3.2516	0.1641	148	0.1512	6236	6384	100
3.2516-4.0962	0.1645	148	0.1343	6239	6387	100
4.0962-43.6261	0.132	152	0.1311	6365	6517	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9851	0.0644	0.3362	2.0035	0.0844	1.3055	0.0272	0.0325	0.0786	-0.0639	-0.0674	-0.177	-0.1462	0.1831	0.0038	0.0586	-0.0281	0.0069	0.1041	0.0228	0.0875	10.191	5.9484	37.0658
2	0.7004	0.0642	0.1077	0.9649	-0.1036	0.535	0.0328	0.0612	-0.0049	0.0347	-0.0431	-0.0908	-0.0274	0.0502	0.0094	0.0588	-0.0015	0.0002	0.0644	0.0093	0.0559	-10.9572	4.7187	19.5129
3	0.6575	-0.4232	0.3126	2.02	-0.4107	0.9995	0.1163	0.0792	-0.1127	-0.2087	-0.091	0.0851	0.1714	0.1617	-0.0136	0.0831	0.0266	-0.0122	0.0821	-0.0105	0.0939	5.8591	-9.1052	30.2582
4	0.6797	0.0796	0.2773	1.9826	-0.1112	0.9325	0.0206	0.0364	0.0481	-0.0592	-0.0251	0.2728	0.0034	-0.2389	-0.0266	0.0432	0.0118	-0.0094	0.1152	-0.0049	0.0883	-43.2447	1.4228	7.479
5	2.5441	0.7093	-0.1331	1.5885	-0.434	1.292	-0.0632	0.136	0.1699	-0.0414	0.0113	0.0634	-0.1406	-0.0851	0.0513	0.071	0.0296	-0.0108	0.0835	0.003	0.075	-35.3314	10.1338	10.1177
6	0.9923	-0.4509	0.0537	2.0318	-0.0198	0.6404	0.0325	-0.1071	-0.1755	0.0406	-0.0192	0.0636	0.0784	-0.0762	-0.0029	0.0871	-0.0108	-0.0048	0.0776	0.0014	0.0665	-30.7844	-9.6132	26.0431
7	0.931	0.2549	-0.2018	0.8901	-0.2021	0.6267	0.0592	-0.1155	0.0764	0.087	-0.0508	0.0197	-0.1199	-0.0116	-0.0058	0.0889	-0.001	0.0042	0.0818	-0.0192	0.0556	-25.925	10.1579	32.1106
8	0.3711	0.4297	0.5187	0.8592	0.1366	1.2119	0.0423	-0.0345	-0.0418	0.0346	-0.0037	-0.0254	0.0515	-0.0381	-0.046	0.0553	0.0064	0.0099	0.0665	-0.001	0.0659	-31.1269	-2.2566	21.4644
9	1.4866	-0.8687	-0.5316	1.5254	0.798	0.4866	-0.0888	-0.2073	-0.0906	0.5247	0.0129	0.3305	0.3144	-0.2314	0.0252	0.1722	-0.0562	0.0481	0.1699	0.0062	0.1149	-45.4482	-10.3039	21.3832
10	2.1399	-1.049	-0.1806	1.9051	-0.4234	1.3669	0.0838	-0.0148	-0.4154	0.1524	-0.0477	-0.0422	0.3228	-0.1319	0.0147	0.1469	-0.0364	-0.0179	0.0751	-0.0033	0.1369	-36.3354	-19.8464	12.0714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 92 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 256 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 257 through 355 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 50 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 51 through 92 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 93 through 122 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 123 through 230 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 293 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 294 through 327 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 328 through 355 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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