[日本語] English
万見
- PDB-4xtr: Structure of Get3 bound to the transmembrane domain of Pep12 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xtr
タイトルStructure of Get3 bound to the transmembrane domain of Pep12
要素
  • ATPase GET3
  • Antibody Heavy chain
  • Antibody Light chain
  • Pep12p
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / membrane protein targeting complex / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion / protein folding chaperone ...GET complex / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / response to arsenic-containing substance / response to metal ion / protein folding chaperone / guanyl-nucleotide exchange factor activity / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / response to heat / ribosome / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / KLLA0B08173p / ATPase GET3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Mateja, A. / Paduch, M. / Chang, H.-Y. / Szydlowska, A. / Kossiakoff, A.A. / Hegde, R.S. / Keenan, R.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM086487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01 GM094588 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM087519 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Protein targeting. Structure of the Get3 targeting factor in complex with its membrane protein cargo.
著者: Mateja, A. / Paduch, M. / Chang, H.Y. / Szydlowska, A. / Kossiakoff, A.A. / Hegde, R.S. / Keenan, R.J.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATPase GET3
B: ATPase GET3
C: Antibody Heavy chain
D: Antibody Light chain
E: Antibody Heavy chain
F: Antibody Light chain
G: Pep12p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,80714
ポリマ－179,8247
非ポリマー1,9837
水16,718928
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22920 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area61770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.870, 112.030, 153.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体 Antibody Heavy chain


分子量: 24560.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, synthetic construct
解説: Obtained by phage display from a library of human IgG antibody fragment, the CDRs are completely synthetic
プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pRIL
#3: 抗体 Antibody Light chain


分子量: 23671.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, synthetic construct
解説: Obtained by phage display from a library of human IgG antibody fragment, the CDRs are completely synthetic
プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pRIL

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 ATPase GET3 / Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided ...Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Golgi to ER traffic protein 3 / Guided entry of tail-anchored proteins 3


分子量: 39392.605 Da / 分子数: 2 / 変異: D57N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GET3, ARR4, YDL100C, D2371 / プラスミド: pCDF1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pRIL
参照: UniProt: Q12154, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#4: タンパク質・ペプチド Pep12p


分子量: 4575.672 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 102-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: VIN 13 / 遺伝子: VIN13_4407 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pRIL / 参照: UniProt: E7M086

-
非ポリマー , 5種, 935分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 mM ATP and 2 mM MgCl2 with 15% PEG 3350, 25 mM succinic acid pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→53.95 Å / Num. obs: 109335 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
Cootモデル構築
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2woj and 3pgf

2woj

3pgf


解像度: 2.05→53.95 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 5469 5 %
Rwork0.1872 103811 -
obs0.1886 109280 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.48 Å2 / Biso mean: 56.7877 Å2 / Biso min: 18.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→53.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11647 0 165 928 12740
Biso mean--37.52 48.95 -
残基数----1509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76216378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.334379
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.07340.33081470.2862883303082
2.0734-2.09780.31941810.27913162334391
2.0978-2.12330.29511660.26393347351396
2.1233-2.15020.28941940.24923383357797
2.1502-2.17850.29131650.2373472363799
2.1785-2.20840.27441810.23273445362698
2.2084-2.23990.25711930.2343493368699
2.2399-2.27330.25831680.22763469363799
2.2733-2.30890.26232020.219334673669100
2.3089-2.34670.26171940.217235043698100
2.3467-2.38720.25091990.217434723671100
2.3872-2.43060.23981810.20693505368699
2.4306-2.47740.24391760.20233443361998
2.4774-2.52790.24331750.204135233698100
2.5279-2.58290.25651920.20653482367499
2.5829-2.6430.23921570.199435553712100
2.643-2.70910.2341860.196335043690100
2.7091-2.78230.24841730.20613505367899
2.7823-2.86420.24361920.1993496368899
2.8642-2.95660.22951740.20393505367999
2.9566-3.06230.25551710.19583434360597
3.0623-3.18490.22521740.19873519369399
3.1849-3.32990.23441870.19673522370999
3.3299-3.50540.21652060.18783454366099
3.5054-3.7250.20012040.17653516372099
3.725-4.01250.17391610.16483490365197
4.0125-4.41620.18681810.14593551373299
4.4162-5.0550.16661860.13533540372698
5.055-6.36780.18771970.16863539373697
6.3678-61.5920.1852060.19223631383796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.769-0.7567-0.24692.57080.42211.21610.0608-0.10950.13070.1461-0.3739-0.62550.03120.21160.17130.2046-0.00560.00410.40480.22220.700350.7494-18.1404-19.4768
26.3232-1.0589-0.19454.95170.92973.7333-0.3644-0.5441-0.07060.677-0.0168-0.91360.35020.52010.29860.535-0.0051-0.13050.5420.06470.638448.051-13.4491-3.1934
33.5624-1.2506-1.67353.58290.82031.83590.1215-0.27250.16650.2741-0.1866-0.4879-0.25880.23070.18960.2965-0.0409-0.04760.4260.22570.599347.1143-10.2146-14.8124
43.2621-0.54611.7826.5139-1.06776.8632-0.0783-0.98010.87211.1374-0.10630.1742-1.5470.13850.2370.6602-0.1670.0230.8462-0.18370.887744.77862.29951.7369
51.1362-0.5719-1.41214.5774-1.4345.12370.0863-0.79090.49771.3904-0.5497-0.4679-0.88540.68780.47640.6827-0.2263-0.290.71660.05061.029853.405-0.3917-3.1184
62.60560.03310.0613.296-0.64092.18250.0140.27540.1309-0.3713-0.2399-0.010.08250.11820.23230.32520.05-0.00450.30870.12890.520938.4438-7.7017-30.2719
72.47462.20541.03926.5530.75992.11760.2350.279-0.1249-0.84620.13440.28840.4716-0.13380.16120.63850.0816-0.15030.43530.05920.496230.0787-10.806-41.1397
81.78210.16590.7711.9332-0.88262.1743-0.01370.552-0.079-0.8362-0.2203-0.51580.23720.23830.21490.49370.1430.13770.47460.16010.578645.2205-19.6182-37.406
92.0084-0.90450.27521.6857-0.38132.67530.1784-0.063-0.19120.0110.01810.2226-0.0643-0.0784-0.17730.22860.01840.010.26670.04250.359515.2077-14.5325-16.7345
103.0382-0.4678-0.29865.04432.04755.6024-0.0262-0.69310.92280.36420.0696-0.2577-1.28550.06-0.06790.6615-0.0339-0.03360.5718-0.1320.629229.17633.7114-2.2068
117.96360.4042-1.61721.61550.39292.1755-0.0426-0.50610.02750.27240.09850.2354-0.29390.126-0.05920.3442-0.0042-0.01960.39140.05640.272119.0444-9.2382-1.1873
122.1405-1.3008-1.48652.57850.21552.6617-0.1922-0.9951-0.04850.7910.3085-0.22170.04680.574-0.13180.43750.0211-0.05250.55660.04070.437424.0676-14.27012.8993
132.2526-0.1101-0.09472.3358-1.00272.8990.12850.0447-0.2942-0.2132-0.0591-0.07380.41060.2588-0.04560.30090.0469-0.05470.24860.02280.450925.9567-28.3847-17.5898
141.6803-0.179-0.64932.1846-1.9496.26440.32520.1585-0.4416-1.1526-0.25290.12140.03280.0221-0.17730.77870.1769-0.07770.334-0.05880.566329.7634-34.3712-32.0621
152.3712-0.3904-0.63871.31791.36431.66680.22050.3891-0.322-0.9492-0.05160.46370.2743-0.346-0.20.43310.0084-0.15440.2989-0.02650.414215.7406-23.1457-30.5912
162.62380.09411.34282.1421-0.61762.30450.09150.10920.2118-0.0312-0.049-0.0250.02690.1516-0.01950.24140.0283-0.02070.23290.00480.285745.8463-48.4673-7.0416
172.8257-0.32161.51732.39680.2292.40290.14261.072-0.472-0.36570.117-0.18160.42891.0171-0.26770.74510.1268-0.15490.7747-0.14170.459755.3409-81.6328-2.5923
183.11960.30940.14786.1823-0.21533.03010.33420.0585-0.70230.429-0.0407-0.25890.14680.8649-0.13310.76840.1952-0.09881.2168-0.23340.800263.1235-86.6133-0.0894
192.23540.1242-0.14565.74811.93224.01730.0829-0.11890.37440.7105-0.15140.31790.3803-0.25740.13390.3057-0.0064-0.06290.2868-0.00080.339525.5241-64.9915-10.0025
201.94560.88140.98343.23510.30211.74810.06140.05070.259-0.152-0.00180.50550.1017-0.0923-0.0410.2770.0092-0.06170.25020.03040.362228.549-57.1414-15.1457
210.94350.494-0.72383.341-0.46560.58060.4577-0.5218-0.46140.25780.2332-0.11760.628-0.05120.2080.7217-0.0478-0.39070.3570.1320.456731.6119-79.8893-10.74
221.409-0.62111.36431.1123-0.04341.61060.5301-1.0393-0.63820.06450.1420.17910.8556-0.7806-0.61230.7966-0.0812-0.29720.71590.14260.629344.32-84.86266.9754
233.4426-0.08441.83872.0401-0.4432.97440.10610.0243-0.30750.1294-0.32120.04110.18040.51320.4240.61350.0439-0.17680.47010.0020.427245.2528-82.36123.094
242.1603-0.5962.4310.616-0.74213.99760.3469-0.1627-0.39590.03950.18770.07320.8228-0.1536-0.06581.1559-0.4848-0.60081.15990.6960.802640.9419-92.78239.1
253.0787-1.2806-0.7365.180.30142.34680.24440.1797-0.01330.0865-0.37040.6345-0.2397-0.3970.02340.29170.0250.06220.27710.03970.245612.882720.9028-29.0548
262.2417-0.6146-0.42384.756-0.52821.5840.12220.0583-0.1307-0.0325-0.08350.3839-0.081-0.07340.04270.27580.014-0.0030.25810.0060.107819.734114.2138-31.0967
271.5536-0.0541-0.54263.25880.11080.92580.1688-0.1037-0.19560.6892-0.163-0.4966-0.00880.20110.07450.3999-0.0316-0.06160.28360.04990.160727.229614.876-23.6968
283.89931.06010.51818.0311.56363.35170.0704-0.0581-0.47810.7196-0.22480.3669-0.024-0.20910.05420.3354-0.01030.05540.28-0.00280.167816.037212.1857-23.2628
291.5475-1.6671-0.98982.9923-0.16231.95730.2393-0.0543-0.04240.5882-0.2733-0.1235-0.3049-0.1168-0.0690.37180.00760.02750.267-0.00530.107320.765823.7568-27.9401
304.557-4.172-0.85697.099-0.53280.98540.19380.0977-0.5262-0.4616-0.28030.1440.1765-0.05690.12840.33870.0794-0.02950.3030.00260.263824.36559.8775-37.5222
311.5364-1.44510.08642.8312-0.97650.59970.1368-0.05780.23870.59220.11850.3415-0.2069-0.1764-0.17870.48710.04430.13590.35580.02840.278111.361936.1721-27.5105
322.7251-0.98280.66352.43152.03953.9477-0.23740.08360.09360.108-0.08720.1473-0.06270.11150.20380.246-0.03320.06220.26320.07290.265410.429347.3161-44.7021
332.568-0.91661.39311.99911.0845.3747-0.3168-0.0287-0.07940.1455-0.13430.2984-0.1026-0.36280.33350.2202-0.02290.05990.28590.00230.30885.786547.3612-47.9392
344.1209-1.750.91071.61290.9226.9478-0.0709-0.29690.29430.2843-0.1710.7271-0.4247-0.48330.44710.31130.03770.0340.4721-0.06270.48531.361153.0231-44.1762
350.5070.48620.64882.397-1.79434.3180.33320.57760.2148-0.1758-0.488-0.5882-0.56910.3763-0.11020.60860.27610.22660.77620.330.43136.621726.0777-46.8103
361.3702-0.1963-1.32642.7138-0.56391.51210.91950.9188-0.2695-1.0758-0.999-1.51220.3580.52280.3970.62230.41070.35250.65890.1265-0.277733.016717.252-46.6909
371.6191-0.91410.73255.8063-1.30293.37030.2870.1435-0.02770.2576-0.6997-1.19560.0620.41530.42490.30320.0091-0.03450.38820.14690.328735.656915.2986-32.5197
380.6133-0.96210.7843.2551-2.03741.3494-0.22060.3963-0.205-0.0731-0.2123-0.13450.55660.78650.18050.47910.21540.18370.64080.21820.353128.855236.803-55.9244
393.19120.1031-1.02172.9951-0.22266.4734-0.2186-0.24130.29560.3318-0.01980.1292-0.69140.46060.28180.4045-0.0333-0.06460.34880.07340.321812.34258.1478-42.0327
401.6419-0.9592-0.83422.28091.55264.0847-0.323-0.2763-0.04450.20450.0122-0.3319-0.11981.47780.17240.3513-0.0523-0.00530.72450.20210.268724.533850.6505-46.903
411.39530.144-0.05322.54420.31613.4753-0.1055-0.2755-0.01020.1364-0.3927-0.14420.06130.9104-0.0060.2623-0.03910.00470.6880.20220.273723.732746.6171-46.4393
422.4121-0.4641-1.58813.72120.44024.2918-0.0314-0.30770.33440.15310.0593-0.1485-1.03041.1088-0.02720.5177-0.2447-0.06010.55480.13960.252222.453260.1487-44.0803
430.3190.20880.36660.61160.07570.73580.1605-0.21280.36730.0670.2803-0.5964-0.63980.5828-0.25131.3981-0.2267-0.18081.2658-0.19261.157938.2316-6.71244.4952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 99 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 153 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 178 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 179 through 211 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 230 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 285 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 286 through 305 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 306 through 352 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 4 through 89 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 90 through 135 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 136 through 154 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 155 through 230 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 231 through 285 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 286 through 305 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 306 through 353 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 4 through 128 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 129 through 212 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 213 through 225 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 2 through 19 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 20 through 104 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 105 through 116 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 117 through 166 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 167 through 191 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 192 through 217 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 4 through 20 )E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 21 through 48 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 49 through 70 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 71 through 86 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 87 through 102 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 103 through 115 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 116 through 128 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 129 through 184 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 185 through 212 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 213 through 225 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 2 through 19 )F0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 20 through 91 )F0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 92 through 104 )F0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 105 through 116 )F0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 117 through 131 )F0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 132 through 153 )F0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 154 through 177 )F0
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 178 through 217 )F0
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 266 through 287 )G0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る