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- PDB-4xs6: Salmonella typhimurium AhpC W81F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xs6
タイトルSalmonella typhimurium AhpC W81F mutant
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / LU / PrxI / conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1679
ポリマ－103,0115
非ポリマー1564
水00
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,33418
ポリマ－206,02210
非ポリマー3138
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area16370 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area64540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.470, 169.920, 134.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase


分子量: 20602.152 Da / 分子数: 5 / 変異: W81F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.4 M MgSO4, 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→71.9 Å / Num. obs: 21119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MA9

4ma9


解像度: 3.35→71.889 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 1902 4.75 %imported from 4ma9
Rwork0.2352 ---
obs0.2373 40067 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→71.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6382 0 4 0 6386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0396554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4518879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9322355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.43380.39091200.34542754X-RAY DIFFRACTION100
3.4338-3.52670.32421080.32792762X-RAY DIFFRACTION100
3.5267-3.63040.33691140.31852747X-RAY DIFFRACTION100
3.6304-3.74760.35211340.30352729X-RAY DIFFRACTION100
3.7476-3.88150.28271230.29742704X-RAY DIFFRACTION100
3.8815-4.03690.34681680.28062725X-RAY DIFFRACTION100
4.0369-4.22070.33921670.25662689X-RAY DIFFRACTION100
4.2207-4.44310.28271490.22152698X-RAY DIFFRACTION100
4.4431-4.72150.2614960.20422774X-RAY DIFFRACTION100
4.7215-5.08590.23481420.19962712X-RAY DIFFRACTION100
5.0859-5.59760.20391390.20952727X-RAY DIFFRACTION100
5.5976-6.40710.33061610.20982695X-RAY DIFFRACTION100
6.4071-8.07060.22991350.19132740X-RAY DIFFRACTION100
8.0706-71.90540.21081460.16992709X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77820.9914-0.73174.1598-1.36043.7794-0.08870.0636-0.06180.11780.50920.3092-0.0239-0.9442-0.25280.33190.0147-0.02990.56990.13270.4317-14.56169.478120.9631
23.4581.0012-0.57734.4785-0.50653.1111-0.00750.11140.45360.28420.31270.0324-0.8629-0.3022-0.20010.71870.18690.04890.34450.01570.4655-0.419732.0991125.1524
36.3454-0.86230.86041.6114-1.04093.17910.11460.45390.32830.03210.0822-0.1681-0.51560.5364-0.15130.6559-0.22970.0460.5202-0.09670.418827.762632.2435107.184
42.2914-0.60741.00192.61960.06821.7892-0.06080.44560.15080.1795-0.5074-0.4084-0.47060.39010.45850.7738-0.4287-0.0850.76570.06160.728449.626133.8664123.3949
52.1486-0.1505-0.32293.6955-1.19552.38790.2860.15960.3702-0.2428-0.4299-0.8926-0.06150.89080.22810.5703-0.11450.0231.01950.03990.957167.66416.1326122.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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