PDB-4xrd: Salmonella typhimurium AhpC W169F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xrd

タイトル

Salmonella typhimurium AhpC W169F mutant

要素

Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.

履歴

登録	2015年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xrd.cif.gz	363.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xrd.ent.gz	299.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xraC 4xs1C 4xs4C 4xs6C 4xtsC 5ukaC 4ma9S 1yep S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yex-1 1yep-1 1yf1-1 1yf1-3 3tjg-1 4ql7-1 1we0-d 1yf0-1 6utl-d 6e0g-d 4ql9-1 5b8a-d 1e2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

103 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.870, 171.200, 135.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 20602.152 Da / 分子数: 5 / 変異: W169F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.4 M MgSO4, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→24.9 Å / Num. obs: 62493 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MA9

4ma9

解像度: 2.3→24.705 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2392	6044	4.99 %	imported from 4ma9
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.1944	121223	96.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6552	0	13	390	6955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6861
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	9316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.548	2455
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3628	189	0.3518	3889	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3261-2.3535	0.3446	198	0.3419	3934	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3535-2.3822	0.3704	221	0.3362	3881	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3822-2.4123	0.3667	222	0.3406	3908	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4123-2.444	0.4107	200	0.3359	3908	X-RAY DIFFRACTION	99
2.444-2.4775	0.3673	233	0.3371	3944	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4775-2.5128	0.357	210	0.335	3925	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5128-2.5503	0.374	207	0.3248	3958	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5503-2.5901	0.3741	221	0.316	3945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5901-2.6325	0.4092	186	0.3137	3947	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6325-2.6779	0.3522	205	0.3019	3949	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6779-2.7265	0.3416	215	0.3024	3951	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7265-2.7789	0.2911	216	0.284	3888	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7789-2.8355	0.2633	242	0.2538	3858	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8355-2.8971	0.3337	234	0.2515	3865	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8971-2.9644	0.3202	174	0.2467	3961	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9644-3.0384	0.2887	210	0.2393	3859	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0384-3.1204	0.2941	242	0.218	3817	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1204-3.212	0.2627	185	0.2136	3866	X-RAY DIFFRACTION	97
3.212-3.3154	0.2345	194	0.1958	3858	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3154-3.4336	0.2648	193	0.184	3803	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4336-3.5707	0.2444	149	0.1649	3850	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5707-3.7327	0.2305	158	0.1521	3776	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7327-3.9288	0.1853	194	0.1477	3810	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9288-4.1738	0.1885	219	0.1346	3669	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1738-4.4943	0.1606	201	0.1172	3715	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4943-4.9433	0.1415	156	0.1097	3714	X-RAY DIFFRACTION	92
4.9433-5.6512	0.1476	186	0.1323	3630	X-RAY DIFFRACTION	91
5.6512-7.0918	0.1879	198	0.1401	3613	X-RAY DIFFRACTION	90
7.0918-24.7061	0.1656	186	0.1433	3488	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5672	0.877	-0.8353	2.1139	-1.4029	3.8037	-0.0322	-0.0217	-0.0788	-0.1298	0.2808	0.3061	0.2942	-0.5868	-0.2389	0.3589	-0.0056	-0.0551	0.3664	0.0942	0.3971	-14.8238	9.6006	121.9113
2	2.0642	1.1549	-0.8147	2.3996	-0.7582	2.7176	0.0779	-0.045	0.2693	0.2072	0.0657	0.2037	-0.3458	-0.2302	-0.1013	0.3107	0.0671	0.0273	0.262	-0.0298	0.301	-0.7258	32.1712	125.099
3	3.9766	-0.5865	0.8511	1.5582	-0.2796	1.9005	0.0661	0.4323	0.1673	-0.0962	0.0543	-0.267	-0.245	0.5263	-0.1149	0.4324	-0.1007	0.0147	0.4861	-0.0913	0.3708	28.852	32.1341	107.504
4	2.5653	-0.1701	0.3318	2.7594	0.2888	1.4874	-0.0965	0.2485	-0.007	-0.0001	-0.0572	-0.3866	-0.2006	0.2033	0.1504	0.4297	-0.1448	-0.0628	0.4874	-0.0371	0.5048	49.2655	34.715	124.3939
5	2.3625	-0.2774	-0.0777	3.477	-1.1988	2.3325	0.1134	0.127	-0.0043	-0.3408	-0.2817	-0.7257	0.3225	0.5842	0.1466	0.4955	0.0359	0.0684	0.6819	-0.0346	0.7401	68.0346	5.8023	123.5143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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