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- PDB-4xr8: Crystal structure of the HPV16 E6/E6AP/p53 ternary complex at 2.2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xr8
タイトルCrystal structure of the HPV16 E6/E6AP/p53 ternary complex at 2.25 A resolution
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP
  • Protein E6
キーワードVIRAL PROTEIN/ ANTITUMOR PROTEIN / Human papillomavirus 16 / E6 oncoprotein / Ubiquitin-Ligase E6AP / tumor suppressor p53 / p53 degradation / viral protein-antitumor protein / VIRAL PROTEIN- ANTITUMOR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / activation of GTPase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 ...symbiont-mediated suppression of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / activation of GTPase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / detection of maltose stimulus / PI5P Regulates TP53 Acetylation / maltose transport complex / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / carbohydrate transport / rRNA transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / regulation of proteolysis / replicative senescence / cellular response to UV-C / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to actinomycin D / neuroblast proliferation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / type II interferon-mediated signaling pathway / maltose transport / hematopoietic stem cell differentiation / maltodextrin transmembrane transport / Pyroptosis / chromosome organization / viral process / embryonic organ development / somitogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process
類似検索 - 分子機能
E6 early regulatory protein / CRO Repressor / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif ...E6 early regulatory protein / CRO Repressor / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein E6 / Cellular tumor antigen p53 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Martinez-Zapien, D. / Ruiz, F.X. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Trave, G. / Zanier, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the E6/E6AP/p53 complex required for HPV-mediated degradation of p53.
著者: Martinez-Zapien, D. / Ruiz, F.X. / Poirson, J. / Mitschler, A. / Ramirez, J. / Forster, A. / Cousido-Siah, A. / Masson, M. / Pol, S.V. / Podjarny, A. / Trave, G. / Zanier, K.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP
B: Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
F: Protein E6
H: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,66919
ポリマ－165,1066
非ポリマー1,56413
水6,377354
1
A: Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP
C: Cellular tumor antigen p53
F: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,36610
ポリマ－82,5533
非ポリマー8137
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP
D: Cellular tumor antigen p53
H: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3049
ポリマ－82,5533
非ポリマー7516
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.842, 128.939, 81.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDFH

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, ubiquitin ligase E6AP / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 41803.258 Da / 分子数: 2 / 変異: D83A,K84A,K240A,E360A,D364A,K363A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 22448.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#3: タンパク質 Protein E6


分子量: 18301.107 Da / 分子数: 2 / 変異: C80S,C97S,C111S,C140S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: E6 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03126

-
糖 , 1種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 365分子

#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 7.5 % PEG 20K, 0.05 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 77282 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.52
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 89.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GIZ, 1TUP

4giz

1tup


解像度: 2.25→49.635 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2463 3868 5.01 %Random 5%
Rwork0.1936 ---
obs0.1962 77274 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11494 0 84 354 11932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34816177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4294528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2284-2.25560.35511000.29571896X-RAY DIFFRACTION71
2.2556-2.28420.34451430.28362643X-RAY DIFFRACTION100
2.2842-2.31420.32351540.27942626X-RAY DIFFRACTION100
2.3142-2.34590.36951340.27092653X-RAY DIFFRACTION100
2.3459-2.37940.31891400.25892622X-RAY DIFFRACTION100
2.3794-2.41490.27421320.23782669X-RAY DIFFRACTION100
2.4149-2.45270.30291400.24252638X-RAY DIFFRACTION100
2.4527-2.49290.29531650.23912628X-RAY DIFFRACTION100
2.4929-2.53590.2921250.24072669X-RAY DIFFRACTION100
2.5359-2.5820.33021360.23752644X-RAY DIFFRACTION100
2.582-2.63160.29891140.23412699X-RAY DIFFRACTION100
2.6316-2.68540.27631610.22692615X-RAY DIFFRACTION100
2.6854-2.74370.2921450.22862637X-RAY DIFFRACTION100
2.7437-2.80760.32451320.23592652X-RAY DIFFRACTION100
2.8076-2.87780.34311490.24152673X-RAY DIFFRACTION100
2.8778-2.95560.30361320.23772599X-RAY DIFFRACTION100
2.9556-3.04250.28961190.24122688X-RAY DIFFRACTION100
3.0425-3.14070.3211460.23592673X-RAY DIFFRACTION100
3.1407-3.25290.28221310.2192635X-RAY DIFFRACTION99
3.2529-3.38320.25681350.21142600X-RAY DIFFRACTION98
3.3832-3.53710.27721450.20892637X-RAY DIFFRACTION99
3.5371-3.72350.25181410.19592648X-RAY DIFFRACTION100
3.7235-3.95670.22521480.17462635X-RAY DIFFRACTION100
3.9567-4.26210.18481560.15672642X-RAY DIFFRACTION100
4.2621-4.69070.17961420.1452667X-RAY DIFFRACTION100
4.6907-5.36870.20221240.14782685X-RAY DIFFRACTION100
5.3687-6.76130.22561430.16762657X-RAY DIFFRACTION99
6.7613-49.64730.17451360.14282676X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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