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- PDB-3st4: Dreiklang - on state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3st4
タイトルDreiklang - on state
要素Dreiklang
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP-like / beta barrel / Reversibly switchable fluorescent protein / Anthozoa / fluorescent dyes / luminescent protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brakemann, T. / Weber, G. / Andresen, M. / Stiel, A.C. / Jakobs, S. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2011
タイトル: A reversibly photoswitchable GFP-like protein with fluorescence excitation decoupled from switching.
著者: Brakemann, T. / Stiel, A.C. / Weber, G. / Andresen, M. / Testa, I. / Grotjohann, T. / Leutenegger, M. / Plessmann, U. / Urlaub, H. / Eggeling, C. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Jakobs, S.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dreiklang
B: Dreiklang
C: Dreiklang
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,28610
ポリマ－85,6213
非ポリマー6657
水8,665481
1
A: Dreiklang


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5401
ポリマ－28,5401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dreiklang
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1107
ポリマ－28,5401
非ポリマー5706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dreiklang
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6352
ポリマ－28,5401
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.253, 136.033, 81.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-409-

HOH

21B-391-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dreiklang


分子量: 28540.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 15 % (w/v) PEG 3350, 0.2M KH2PO4, 3% (w/v) D-trehalose dihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 51879 / Num. obs: 51771 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6929 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.441 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2589 5 %random
Rwork0.1612 ---
obs0.1636 51768 99.8 %-
all-51771 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.24 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.996 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0046 Å20 Å2
3----3.9731 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5591 0 35 481 6107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2838168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5372237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03850.29211410.2212677X-RAY DIFFRACTION100
2.0385-2.08010.27751420.2022697X-RAY DIFFRACTION100
2.0801-2.12530.25591420.18892694X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.17470.23781420.17772698X-RAY DIFFRACTION100
2.1747-2.22910.24491410.17682687X-RAY DIFFRACTION100
2.2291-2.28940.25591420.17922690X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.35670.23221430.17312730X-RAY DIFFRACTION100
2.3567-2.43280.24131420.16472695X-RAY DIFFRACTION100
2.4328-2.51970.22511440.15762729X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.62060.24111430.16332722X-RAY DIFFRACTION100
2.6206-2.73990.23571430.16752707X-RAY DIFFRACTION100
2.7399-2.88430.22051430.16352726X-RAY DIFFRACTION100
2.8843-3.06490.21361430.16182725X-RAY DIFFRACTION100
3.0649-3.30150.20631450.14742742X-RAY DIFFRACTION100
3.3015-3.63360.17391450.14222750X-RAY DIFFRACTION100
3.6336-4.15890.17031450.13372760X-RAY DIFFRACTION99
4.1589-5.23820.14231480.1242822X-RAY DIFFRACTION100
5.2382-41.44980.2141550.18362928X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42870.1054-0.18931.60030.70241.53240.0175-0.07830.04320.11270.0609-0.229-0.00780.103-0.08020.132-0.0191-0.02330.1234-0.03340.170114.55640.511239.0036
21.44740.01410.60671.5912-0.11120.95340.23330.0833-0.2017-0.0315-0.103-0.18010.19260.0267-0.13210.18680.0434-0.05160.1205-0.02180.140726.031522.328962.1036
31.3150.0478-0.31532.3176-0.1971.68230.15740.07430.09670.0826-0.01920.3733-0.0775-0.1392-0.11740.12690.01960.04870.16110.02980.17966.912943.860667.2433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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