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- PDB-3eej: Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diami... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eej | ||||||
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Title | Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diamino-5-[3-methyl-3-(3-methoxy-5-phenylphenyl)prop-1-ynyl]-6-methylpyrimidine(UCP111D) and NADPH | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. / Anderson, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors Authors: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 112.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCS ensembles :
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 26427.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Feb 27, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 23986 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.855 / Net I/σ(I): 36.043 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.11→37.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 4.949 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.18 Å2 / Biso mean: 16.907 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→37.48 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.106→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
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