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- PDB-3eel: Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diami... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eel | ||||||
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Title | Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diamino-5-[3-methyl-3-(3-methoxy-5-(3,5-dimethylphenyl)phenyl)prop-1-ynyl]-6-methylpyrimidine(UCP11153TM) and NADPH | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. / Anderson, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors Authors: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 114.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCS ensembles :
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 26427.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Feb 27, 2008 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→42.8 Å / Num. obs: 28869 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.6 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.284 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.95→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.318 / WRfactor Rwork: 0.248 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 4.199 / SU ML: 0.122 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.189 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.02 Å2 / Biso mean: 19.807 Å2 / Biso min: 4.17 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→42.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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