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Yorodumi- PDB-3eem: Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diami... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eem | ||||||
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Title | Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diamino-5-[3-methyl-3-(3-methoxy-5-(2,6-dimethylphenyl)phenyl)prop-1-ynyl]-6-methylpyrimidine(UCP111D26M) and NADPH | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida glabrata (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Liu, J. / Anderson, A. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Biol.Drug Des. / Year: 2009 Title: Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors Authors: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3eem.cif.gz | 113.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3eem.ent.gz | 88.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3eem.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3eem_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3eem_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 3eem_validation.xml.gz | 24.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3eem_validation.cif.gz | 32.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eem | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCS ensembles :
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 26427.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida glabrata (fungus) / Gene: CAGL0J03894g / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6FPH0 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Feb 27, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.11→50 Å / Num. obs: 22825 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.999 / Net I/σ(I): 25.726 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.11→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 5.305 / SU ML: 0.144 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.218 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 57.93 Å2 / Biso mean: 25.549 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→42.84 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20
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