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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xq4 | |||||||||
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タイトル | X-ray structure analysis of xylanase - N44D | |||||||||
![]() | Endo-1,4-beta-xylanase 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / jelly roll | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wan, Q. / Park, J.M. / Riccardi, D.M. / Hanson, L.B. / Fisher, Z. / Smith, J.C. / Ostermann, A. / Schrader, T. / Graham, D.E. / Coates, L. ...Wan, Q. / Park, J.M. / Riccardi, D.M. / Hanson, L.B. / Fisher, Z. / Smith, J.C. / Ostermann, A. / Schrader, T. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A.Y. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography. 著者: Wan, Q. / Parks, J.M. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Preliminary joint X-ray and neutron protein crystallographic studies of endoxylanase II from the fungus Trichoderma longibrachiatum. 著者: Kovalevsky, A.Y. / Hanson, B.L. / Seaver, S. / Fisher, S.Z. / Mustyakimov, M. / Langan, P. #2: ![]() タイトル: X-ray crystallographic studies of family 11 xylanase Michaelis and product complexes: implications for the catalytic mechanism. 著者: Wan, Q. / Zhang, Q. / Hamilton-Brehm, S. / Weiss, K. / Mustyakimov, M. / Coates, L. / Langan, P. / Graham, D. / Kovalevsky, A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013 タイトル: Heterologous expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of Trichoderma reesei xylanase II and four variants. 著者: Wan, Q. / Kovalevsky, A. / Zhang, Q. / Hamilton-Brehm, S. / Upton, R. / Weiss, K.L. / Mustyakimov, M. / Graham, D. / Coates, L. / Langan, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20728.322 Da / 分子数: 2 / 断片: substrate-binding groove, jelly roll / 変異: N44D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 22% PEG8000, 0.2 M NaI, 0.1 M NaOAc at pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月20日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→27.2 Å / Num. obs: 114048 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DFB 解像度: 1.25→27.2 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→27.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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