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- PDB-4xpv: Neutron and X-ray structure analysis of xylanase: N44D at pH6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpv
タイトルNeutron and X-ray structure analysis of xylanase: N44D at pH6
要素Endo-1,4-beta-xylanase 2
キーワードHYDROLASE / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / IODIDE ION / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wan, Q. / Park, J.M. / Riccardi, D.M. / Hanson, L.B. / Fisher, Z. / Smith, J.C. / Ostermann, A. / Schrader, T. / Graham, D.E. / Coates, L. ...Wan, Q. / Park, J.M. / Riccardi, D.M. / Hanson, L.B. / Fisher, Z. / Smith, J.C. / Ostermann, A. / Schrader, T. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A.Y.
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-NIGMS 米国
State Education Ministry2014 Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars 中国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography.
著者: Wan, Q. / Parks, J.M. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Preliminary joint X-ray and neutron protein crystallographic studies of endoxylanase II from the fungus Trichoderma longibrachiatum.
著者: Kovalevsky, A.Y. / Hanson, B.L. / Seaver, S. / Fisher, S.Z. / Mustyakimov, M. / Langan, P.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: X-ray crystallographic studies of family 11 xylanase Michaelis and product complexes: implications for the catalytic mechanism.
著者: Wan, Q. / Zhang, Q. / Hamilton-Brehm, S. / Weiss, K. / Mustyakimov, M. / Coates, L. / Langan, P. / Graham, D. / Kovalevsky, A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Heterologous expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of Trichoderma reesei xylanase II and four variants.
著者: Wan, Q. / Kovalevsky, A. / Zhang, Q. / Hamilton-Brehm, S. / Upton, R. / Weiss, K.L. / Mustyakimov, M. / Graham, D. / Coates, L. / Langan, P.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32015年10月21日Group: Database references
改定 1.42016年7月20日Group: Data collection
改定 1.52017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02018年4月25日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_detector ...atom_site / diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1094
ポリマ－20,7281
非ポリマー3813
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18570 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.194, 60.287, 70.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase 2 / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2


分子量: 20728.322 Da / 分子数: 1 / 変異: N44D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 遺伝子: xyn2 / プラスミド: pJexpress401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% PEG8000, 0.2 M NaI, 0.1 M HEPES at pH 7.0 / PH範囲: 6-7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12901
22901
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS20.7-6.00.7-6.0
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2013年3月27日
CUSTOM-MADE2AREA DETECTOR2013年3月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Ni FilterSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2ChopperLAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.71
361
反射

Entry-ID: 4XPV

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.7-502285196.240.071113.4
2-22.851239885.53.30.22325
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I) obs
1.7-1.7699.63.80.46812.8
2-2.1172.720.36921.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

% reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: RANDOM / 交差検証法: FREE R-VALUE

構造決定の手法開始モデル解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-ID
分子置換1RX2

1rx2

1.7-20X-RAY DIFFRACTION18.410.1570.0060.13322806961
2-20NEUTRON DIFFRACTION0.3040.0070.26480.32
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 3 519 1994
Biso mean--22.99 28.79 -
残基数----189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2135845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.649957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.7-1.780.27341560.22542740X-RAY DIFFRACTION2896899
2-2.310.41671240.35272089NEUTRON DIFFRACTION2213471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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