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- PDB-3qzu: Crystal structure of Bacillus subtilis Lipase A 7-fold mutant; th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzu
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis Lipase A 7-fold mutant; the outcome of directed evolution towards thermostability
要素Lipase estA
キーワードHYDROLASE / Alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pijning, T. / Augustyniak, W. / Reetz, M.T. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Biophysical characterization of mutants of Bacillus subtilis lipase evolved for thermostability: Factors contributing to increased activity retention.
著者: Augustyniak, W. / Brzezinska, A.A. / Pijning, T. / Wienk, H. / Boelens, R. / Dijkstra, B.W. / Reetz, M.T.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase estA
B: Lipase estA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,25611
ポリマ－38,5332
非ポリマー7249
水8,683482
1
A: Lipase estA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6746
ポリマ－19,2661
非ポリマー4085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipase estA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5825
ポリマ－19,2661
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.163, 45.511, 77.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 181 / Label seq-ID: 2 - 181

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Lipase estA / Lipase A / Triacylglycerol lipase


分子量: 19266.498 Da / 分子数: 2 / 変異: R33Q, D34N, K35D, K112D, M134D, Y139C, I157M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU02700, estA, lip, lipA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RP / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 24% (w/v) PEG 3350, 0.2 M (NH4)2)SO4, 0.1 M BisTris-HCl, 0.03 M BES-NaOH, 0.03% (w/v) NaN3, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→45.51 Å / Num. all: 43880 / Num. obs: 43134 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 18453 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I6W

1i6w


解像度: 1.85→76.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 2.725 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22275 1700 5 %RANDOM
Rwork0.17274 ---
obs0.17525 32229 97.03 %-
all-33215 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.37 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→76.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 42 482 3224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1071.9483804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83525.645124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.4215442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6211.51779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14522843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96731026
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2384.5958
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
712medium positional0.070.5
627loose positional0.215
712medium thermal2.052
627loose thermal2.0910
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 121 -
Rwork0.252 2444 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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