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- PDB-4xk8: Crystal structure of plant photosystem I-LHCI super-complex at 2.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xk8
タイトルCrystal structure of plant photosystem I-LHCI super-complex at 2.8 angstrom resolution
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...Light-harvesting complexes of green plants) x 3
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 5
  • (Putative uncharacterized ...) x 3
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
  • Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
  • Uncharacterized protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / photosystem i (光化学系I) / plant LHCI-PSI supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / 葉緑体 / photosynthesis, light harvesting / チラコイド / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I ...response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / 葉緑体 / photosynthesis, light harvesting / チラコイド / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / chloroplast envelope / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / response to cold / 葉緑体 / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-XAT ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-XAT / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction center subunit IV / PSI subunit V / PSI-K / Uncharacterized protein / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Suga, M. / Qin, X. / Kuang, T. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Photosynthesis. Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex.
著者: Xiaochun Qin / Michihiro Suga / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosynthesis converts solar energy to chemical energy by means of two large pigment-protein complexes: photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). In higher plants, the PSI core is surrounded by ...Photosynthesis converts solar energy to chemical energy by means of two large pigment-protein complexes: photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). In higher plants, the PSI core is surrounded by a large light-harvesting complex I (LHCI) that captures sunlight and transfers the excitation energy to the core with extremely high efficiency. We report the structure of PSI-LHCI, a 600-kilodalton membrane protein supercomplex, from Pisum sativum (pea) at a resolution of 2.8 angstroms. The structure reveals the detailed arrangement of pigments and other cofactors—especially within LHCI—as well as numerous specific interactions between the PSI core and LHCI. These results provide a firm structural basis for our understanding on the energy transfer and photoprotection mechanisms within the PSI-LHCI supercomplex.
履歴
登録2015年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Derived calculations
改定 1.22019年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn_source ...database_PDB_caveat / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年3月4日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.src_method
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Putative uncharacterized protein
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Putative uncharacterized protein
1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Uncharacterized protein
e: Putative uncharacterized protein
f: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
g: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
h: Putative uncharacterized protein
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit X psaK
l: Putative uncharacterized protein
6: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
7: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
8: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
9: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,046,379446
ポリマ－711,56532
非ポリマー334,814414
水3,333185
1
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Putative uncharacterized protein
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Putative uncharacterized protein
1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)524,646225
ポリマ－355,78316
非ポリマー168,864209
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Uncharacterized protein
e: Putative uncharacterized protein
f: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
g: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
h: Putative uncharacterized protein
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit X psaK
l: Putative uncharacterized protein
6: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
7: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
8: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
9: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,732221
ポリマ－355,78316
非ポリマー165,950205
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.624, 192.220, 175.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 4分子 AaBb

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 82408.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310*PLUS
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 82466.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311*PLUS

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CcDd27

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, 光化学系I
#4: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15853.142 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 63-203 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: I1NGD2, UniProt: A5Z2K3*PLUS
#14: タンパク質 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I


分子量: 22693.666 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 62-267 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038

-
Putative uncharacterized ... , 3種, 6分子 EeHhLl

#5: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 7299.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS
#8: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 9639.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: C6T221*PLUS
#12: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 16130.484 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 4-156 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 10分子 FfGgIiJjKk

#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / 光化学系I / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17009.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P12355*PLUS
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / 光化学系I / PSI-G / Photosystem I 9 kDa protein


分子量: 10460.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P12357*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I / PSI-I


分子量: 3296.041 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-31 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4402.227 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-39 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A4GGC6
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK / 光化学系I


分子量: 8462.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 6分子 163849

#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / LHCI-730 / LHCII type III CAB-6 / Light-harvesting complex protein Lhca1


分子量: 21354.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q01667*PLUS
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 23725.020 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 55-272 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21719.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2*PLUS

-
糖 , 3種, 9分子

#22: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#23: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#24: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 10種, 590分子

#17: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#25: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#27: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#28: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#29: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 268282 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.8→49.147 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 13498 5.03 %
Rwork0.2105 --
obs0.2123 268230 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49678 0 21294 185 71157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.401106936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.45428690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0658954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00412277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83180.37014350.35148236X-RAY DIFFRACTION97
2.8318-2.86510.35094510.31478467X-RAY DIFFRACTION100
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2.9001-2.93680.30914390.29838423X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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