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- PDB-4xic: ANTPHD WITH 15BP di-thioate modified DNA DUPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xic
タイトルANTPHD WITH 15BP di-thioate modified DNA DUPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
  • Homeotic protein antennapedia
キーワードTranscription Regulator/DNA / DNA Binding / Methylated DNA / ZINC FINGER / TRANSCRIPTION / Transcription Regulator-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis ...specification of segmental identity, antennal segment / specification of segmental identity, thorax / neuroblast development / muscle cell fate specification / lymph gland development / ventral cord development / anterior/posterior axis specification / anterior/posterior pattern specification / midgut development / regulation of neurogenesis / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / Homeotic protein antennapedia
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2015
タイトル: Entropic Enhancement of Protein-DNA Affinity by Oxygen-to-Sulfur Substitution in DNA Phosphate.
著者: Zandarashvili, L. / Nguyen, D. / Anderson, K.M. / White, M.A. / Gorenstein, D.G. / Iwahara, J.
#1: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Wilms tumor protein recognizes 5-carboxylcytosine within a specific DNA sequence.
著者: Hashimoto, H. / Olanrewaju, Y.O. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Data collection
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Homeotic protein antennapedia
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
D: Homeotic protein antennapedia
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,87112
ポリマ－34,3416
非ポリマー5316
水25214
1
A: Homeotic protein antennapedia
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3475
ポリマ－17,1703
非ポリマー1772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
2
D: Homeotic protein antennapedia
E: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5247
ポリマ－17,1703
非ポリマー3544
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.539, 96.539, 89.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Homeotic protein antennapedia


分子量: 7961.297 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 297-356 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Antp, CG1028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02833

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*(C2S)P*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4683.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4525.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM BTP, 10 mM NiCl, 5% MPD / PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月2日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→40 Å / Num. obs: 18508 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 46.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 16.154 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 109936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Χ2% possible allRpim(I) allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.7-2.755.86020.3740.935100
2.75-2.85.95930.4140.9381000.921
2.8-2.855.86040.5910.9281000.745
2.85-2.915.95950.610.9331000.678
2.91-2.975.96050.6380.9361000.572
2.97-3.046.16030.8870.86499.80.3370.7790.851
3.04-3.126.36040.9580.8591000.2540.6130.664
3.12-3.26.85960.9960.8081000.1230.3080.332
3.2-3.37.26030.9960.86598.90.0860.220.237
3.3-3.47.76070.9960.8699.70.0720.1890.203
3.4-3.528.36020.9960.8651000.0880.2470.263
3.52-3.669.16180.9910.8791000.0960.2790.295
3.66-3.839.96040.990.9371000.0740.2220.235
3.83-4.0311.56260.9891.071000.0680.2210.231
4.03-4.2813.16140.991.1471000.0610.2170.226
4.28-4.6213.36220.9941.1541000.0480.170.177
4.62-5.0813.26320.9911.1451000.0420.1460.152
5.08-5.8112.96280.9941.1241000.0350.1240.129
5.81-7.3112.46480.9941.051000.0330.1110.116
7.31-4010.37030.9940.9998.60.0320.0880.094

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1810精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XID

4xid


解像度: 2.69→37.439 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 988 5.34 %Random
Rwork0.216 ---
obs0.2189 18507 82.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→37.439 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 1218 27 14 2299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8233606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.6471032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.041274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6902-2.83190.3988480.3612919X-RAY DIFFRACTION30
2.8319-3.00930.36951040.36641883X-RAY DIFFRACTION62
3.0093-3.24150.35351550.27712695X-RAY DIFFRACTION89
3.2415-3.56750.30091600.2252967X-RAY DIFFRACTION97
3.5675-4.08320.28781780.19863017X-RAY DIFFRACTION100
4.0832-5.14230.24221710.19173025X-RAY DIFFRACTION100
5.1423-37.44220.21651720.18253013X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1231-0.08750.04060.0637-0.03310.05970.08840.0696-0.22960.05240.0914-0.15730.1830.07730.2990.54420.02330.10.079-0.08880.37670.1818-29.459627.2674
20.0273-0.0202-0.00130.02450.01980.0325-0.02570.0084-0.00120.0364-0.0047-0.01050.007-0.02390.00440.2758-0.0434-0.08560.0868-0.06950.1525-0.4638-15.937926.6569
30.02210.0047-0.00790.0047-0.01020.02530.0116-0.01430.0207-0.0290.0259-0.0317-0.00540.02940.02630.41550.1366-0.03770.1622-0.14790.30967.6602-22.894926.6018
40.00560.01030.01150.03680.0240.0415-0.01550.0132-0.0081-0.01740.00120.02550.0269-0.01990.00260.3688-0.09620.02190.0829-0.03760.1145-1.9441-24.319321.0801
50.0056-0.0034-0.00130.0020.00030.00480.02080.0096-0.0025-0.01840.02650.03590.0215-0.03600.6642-0.26280.05520.7129-0.08290.7495-14.147-26.785419.2626
60.0767-0.04950.03830.0317-0.0280.1159-0.01140.0978-0.0054-0.0096-0.0282-0.01890.0325-0.0073-0.08310.3115-0.08590.12850.22320.0790.17093.7818-6.074310.3807
70.2976-0.05920.02310.0182-0.01080.00740.00740.0066-0.074-0.0546-0.00710.10060.0384-0.0222-0.03570.362-0.20920.0690.1759-0.10790.2845-4.5723-18.217713.2377
80.1385-0.09680.03140.3166-0.10490.0362-0.09080.0403-0.0933-0.0154-0.10270.08510.1238-0.107-0.15731.1203-0.0487-0.00110.4236-0.2660.69280.7598-36.396211.3963
90.0199-0.0147-0.00290.0181-0.00190.00270.0217-0.00790.0053-0.0303-0.03550.01670.0934-0.05720.01660.7701-0.0458-0.06440.4064-0.30480.8382-3.9273-45.548714.7196
100.0095-0.0035-0.00630.01740.0090.0064-0.0004-0.00080.0165-0.02680.0192-0.0225-0.02220.01460.09620.5385-0.04680.04510.1855-0.15340.24551.4327-31.248815.6588
110.20450.16070.15630.37920.25330.2153-0.15960.05640.0577-0.1494-0.0986-0.02710.11850.1346-0.0930.7202-0.039-0.02230.24060.02110.2347-2.7689-14.75017.9863
120.032-0-0.01530.03080.00120.05820.00550.00440.0038-0.0407-0.0043-0.0185-0.00570.02180.00840.3190.08210.04560.73490.08030.2396-13.3483.552242.3182
130.1936-0.0999-0.10160.05370.04640.06520.01950.01780.0486-0.00350.031-0.0299-0.0124-0.00030.16730.08910.08810.01690.5703-0.07280.1288-20.988-4.245748.1865
140.01430.0162-0.0080.0173-0.00910.00420.02040.1023-0.0073-0.0240.00470.0615-0.0089-0.06580.11710.19920.1056-0.01940.807-0.12110.3253-29.30090.127744.2215
150.0631-0.01560.02280.003-0.00520.0072-0.00460.05580.0224-0.0308-0.03290.0272-0.0279-0.0444-0.08980.14610.129-0.06960.7864-0.05110.1811-23.58-3.0137.0012
160.01610.00050.00040.0028-0.00040.002-0.0072-0.0007-0.0090.0162-0.0170.01740.01650.0238-00.94690.0793-0.02991.0895-0.28480.7856-19.4023-17.050137.9804
170.14570.0167-0.0280.0246-0.00660.0059-0.0035-0.00230.0243-0.00590.0008-0.0112-0.03290.02660.10390.40010.0366-0.39251.20650.011.0172-42.19451.602526.6931
180.06690.0478-0.01190.0486-0.03090.0375-0.0990.0391-0.00550.03360.0112-0.0812-0.0537-0.0506-0.04870.44770.1661-0.111.6672-0.35090.7743-27.8379-7.682828.8197
190.0128-0.0129-0.02060.0356-0.03150.1498-0.07640.20110.0507-0.0062-0.0088-0.1038-0.08290.0027-0.00170.30470.0818-0.0820.87920.04430.3043-10.36560.204228.0048
200.09340.0327-0.05280.036-0.03860.0465-0.0157-0.025-0.05910.03110.00850.11640.028-0.0641-0.0560.0993-0.11820.06520.3034-0.02440.1887-2.7564-6.065731.1662
210.0351-0.04550.01160.0824-0.01430.0044-0.00250.01720.0011-0.01550.01650.0278-0.0258-0.03270.06590.20160.1258-0.08920.86280.00040.3347-17.2114-0.095931.6911
220.6269-0.1307-0.25690.13730.03220.1113-0.20860.0401-0.0292-0.0157-0.16360.0451-0.276-0.0716-0.06730.6271-0.0048-0.26042.0289-0.06550.8888-33.4772-5.557524.5839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:23)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 24:33)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 34:43)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 44:53)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 54:60)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 0:3)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 4:7)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 8:14)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 23:26)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 27:30)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 31:37)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 5:10)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 11:22)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 23:40)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 41:55)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 56:60)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 0:3)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 4:8)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 9:14)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 23:26)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 27:30)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 31:37)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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