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- PDB-4xgv: Crystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xgv
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein, an FMN transferase
要素FAD:protein FMN transferase
キーワードTRANSFERASE / FLAVIN TRANSFERASE / BIMETAL CENTER / LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD:protein FMN transferase / oxidoreductase complex / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-fold / ApbE-like domains / Flavin transferase ApbE / ApbE family / ApbE-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FAD:protein FMN transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.883 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2016
タイトル: Molecular insights into the enzymatic diversity of flavin-trafficking protein (Ftp; formerly ApbE) in flavoprotein biogenesis in the bacterial periplasm.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.
履歴
登録2015年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD:protein FMN transferase
B: FAD:protein FMN transferase
C: FAD:protein FMN transferase
D: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,67424
ポリマ－150,6024
非ポリマー1,07220
水13,980776
1
A: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0218
ポリマ－37,6501
非ポリマー3707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0017
ポリマ－37,6501
非ポリマー3506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7764
ポリマ－37,6501
非ポリマー1253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8775
ポリマ－37,6501
非ポリマー2264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.197, 70.645, 85.961
Angle α, β, γ (deg.)75.700, 72.450, 69.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a dimer, as verified in vitro in solution. There are 2 biological units in the asymmetric unit.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase


分子量: 37650.438 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble fragment, UNP residues 21-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: apbE, yojK, yojL, b2214, JW5368 / プラスミド: pET-21 NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AB85, FAD:protein FMN transferase

-
非ポリマー , 5種, 796分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350, 35% (v/v) ethylene glycol;

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 91038 / Num. obs: 91038 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 21.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.069 / Net I/av σ(I): 13.689 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 190214
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.88-1.912.10.5811.844881.81894.5
1.91-1.952.10.46844731.61295.5
1.95-1.982.10.28345220.77496.7
1.98-2.032.10.25845261.04596.4
2.03-2.072.10.30244541.71494.4
2.07-2.122.10.22444881.02197
2.12-2.172.10.14246140.67897.3
2.17-2.232.10.15545691.04897
2.23-2.292.10.19643731.77193.8
2.29-2.372.10.09546070.6297.5
2.37-2.452.10.08645940.64597.5
2.45-2.552.10.08245740.71197.3
2.55-2.672.10.08345660.88597.2
2.67-2.812.10.0746110.84997.5
2.81-2.982.10.05345380.81998
2.98-3.212.10.04746290.89997.9
3.21-3.5420.04345981.14697.7
3.54-4.052.10.03745871.26697.8
4.05-5.12.10.0346530.99398.7
5.1-502.10.03345741.16597.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2O18

2o18


解像度: 1.883→31.513 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2008 4544 5 %random selection
Rwork0.1626 86302 --
obs0.1645 90846 96.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.1 Å2 / Biso mean: 34.2088 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.883→31.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9514 0 143 776 10433
Biso mean--41.75 32.93 -
残基数----1232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95613219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6923623
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8831-1.90450.39651480.29482561270985
1.9045-1.92690.3091340.25672784291893
1.9269-1.95040.28471600.2432824298495
1.9504-1.97510.24961420.19542890303296
1.9751-2.00110.22551470.18372883303097
2.0011-2.02850.22291570.18482875303296
2.0285-2.05750.24361470.18872875302297
2.0575-2.08820.22611530.19872789294292
2.0882-2.12080.19481220.16352833295597
2.1208-2.15560.19541430.15442960310397
2.1556-2.19270.19541400.15432888302897
2.1927-2.23260.2161410.17032917305897
2.2326-2.27550.23781500.18712721287191
2.2755-2.32190.21471730.15982861303497
2.3219-2.37240.22041540.14972929308397
2.3724-2.42760.17391340.14812968310298
2.4276-2.48830.19841590.14352836299598
2.4883-2.55550.21621600.14742933309397
2.5555-2.63070.17481390.15162901304098
2.6307-2.71550.20721580.16192878303697
2.7155-2.81250.21611590.15672955311498
2.8125-2.92510.21281690.16032892306198
2.9251-3.05810.17561550.16042896305198
3.0581-3.21920.1911430.16092946308998
3.2192-3.42060.18711540.1612908306298
3.4206-3.68440.18751520.15812898305097
3.6844-4.05450.19241900.14942909309998
4.0545-4.63960.14871500.13732927307799
4.6396-5.83930.18091550.15982965312099
5.8393-31.51770.20921560.16082900305697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2309-0.5023-0.24811.63380.10241.0347-0.058-0.2538-0.0140.3609-0.05630.19050.0353-0.19690.03930.2156-0.01680.07620.2411-0.02520.165943.64321.54353.1045
20.64970.7158-0.1912.25530.29220.83090.0255-0.2152-0.01810.27110.0331-0.2193-0.02180.13730.01180.15520.0128-0.03780.2633-00.214263.86217.3655-0.3079
31.07580.0873-0.09391.02610.11841.3103-0.0039-0.05290.1654-0.0715-0.05640.1287-0.2121-0.02760.07220.17690.0128-0.01290.1536-0.02710.192147.659716.277-11.4476
41.51530.79410.02493.7416-0.50361.54670.1031-0.209-0.08580.59250.01050.1620.0559-0.14530.01060.3632-0.0450.04450.19140.00610.203544.905428.4855-36.4502
52.52332.3792-1.45713.8402-1.55921.97390.0974-0.2954-0.11630.3174-0.204-0.16810.04180.14020.01620.31080.0009-0.05670.19270.00040.152655.6427.099-37.5392
61.72960.1267-1.43951.38790.68142.59110.0706-0.35810.13560.38590.0344-0.1323-0.19830.6022-0.07330.2526-0.0514-0.07620.2743-0.01210.225170.822342.2502-47.0418
71.0660.0411-0.13181.7480.40990.8105-0.0321-0.04570.1470.08240.0057-0.007-0.23650.04110.03840.1888-0.0106-0.00870.1548-0.00140.151358.506146.6552-54.9085
82.20980.0397-1.83110.8925-0.11512.28510.1269-0.47130.86010.36710.1942-0.1916-0.02770.0926-0.07650.5482-0.11750.0550.3583-0.10010.457558.652163.5265-44.8443
90.4782-0.1347-0.06240.81460.35181.0741-0.00290.03650.09290.18980.0733-0.2029-0.11220.2299-0.040.1769-0.0445-0.03270.18320.00650.193967.107242.9473-55.8912
101.3423-0.34850.51571.4191-0.10011.9505-0.0186-0.07290.00860.3342-0.00440.2850.0478-0.2444-0.02140.2287-0.02170.05870.1764-0.01590.201242.371330.4715-46.8211
110.59980.0661-0.18154.45531.83941.66130.0452-0.14050.31420.46220.0268-0.0378-0.2104-0.0018-0.01470.36580.00540.02910.1762-0.05120.378641.663654.7678-44.5045
120.7941-0.0512-0.03181.51450.42330.77880.07240.02130.20290.0252-0.05420.1661-0.28490.0034-0.03520.2748-0.00180.00750.15910.0060.239247.936151.5111-52.2476
131.66310.16560.21962.50090.27941.50470.03980.12830.19050.0601-0.06980.501-0.2292-0.27520.02190.22730.0824-0.00490.2380.02130.318636.360548.8358-56.9638
141.583-1.82090.0196.4249-0.58071.65480.08210.1128-0.0727-0.7404-0.0220.19980.3371-0.10170.0240.3860.0463-0.0230.24290.0080.197744.0602-0.0703-36.7064
151.7914-1.72411.52881.7465-1.22681.88560.18090.19020.0292-0.8317-0.2272-0.13640.57150.3163-0.01710.36990.13350.15280.26340.04120.183761.8757-6.9969-29.6124
161.0076-0.19530.3881.78770.74340.4420.08980.1683-0.1863-0.3088-0.0578-0.06030.450.15280.03480.460.0950.01540.21350.00020.207656.3181-25.6588-19.8847
170.2843-0.22040.24461.0597-0.16480.85890.04430.03840.0072-0.1758-0.1119-0.13290.18870.20850.04580.21020.05630.04040.18950.02430.153357.2153-7.6942-20.5377
181.0262-0.1363-0.52093.23030.16781.55010.02780.05690.0321-0.4643-0.01520.35660.2385-0.294-0.00570.2916-0.0033-0.08270.2188-0.02080.242834.7103-5.5023-26.035
191.0479-0.1659-0.07040.9020.12610.61130.05150.0602-0.2251-0.1007-0.04220.11450.4019-0.0514-0.02160.3985-0.0011-0.01340.161-0.01610.218643.1576-24.7329-22.8149
201.17040.38790.13652.08610.61021.07570.0748-0.1043-0.0263-0.0789-0.09710.42040.3779-0.1929-0.01310.2973-0.0908-0.01020.2091-0.00210.235833.4204-19.0573-16.2228
210.55870.0159-0.03490.7347-0.29190.9089-0.0040.1158-0.0155-0.05460.03980.03950.0709-0.1531-0.01150.0776-0.0177-0.01640.21520.01450.147249.08928.1995-74.1899
221.1246-0.6091-0.83052.1871.47071.91790.08670.2043-0.1748-0.3885-0.0205-0.05680.041-0.0737-0.07720.26410.03570.00990.2307-0.03440.199268.39612.4067-76.7483
231.13540.2945-0.28760.77810.06730.97890.00550.0648-0.00060.0368-0.01750.10830.0148-0.08750.0120.0855-0.0129-0.00620.16180.00610.149750.792627.5498-66.9815
241.979-0.2732-0.52131.2620.34991.3839-0.02250.0974-0.30750.1416-0.02420.0710.2608-0.01980.0390.2061-0.0132-0.00580.1419-0.00330.172653.59798.9426-60.9212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 81 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 167 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 168 through 328 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 13 through 35 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 36 through 57 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 81 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 82 through 112 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 113 through 136 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 137 through 167 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 168 through 230 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 231 through 250 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 251 through 289 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 290 through 329 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 13 through 35 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 36 through 81 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 82 through 136 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 137 through 192 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 193 through 236 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 237 through 289 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 290 through 329 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 13 through 97 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 98 through 136 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 137 through 209 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 210 through 329 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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