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Yorodumi- PDB-4xgx: Crystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein,... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xgx | ||||||
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Title | Crystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein, an FMN transferase, Y60N mutant, ADP-inhibited | ||||||
Components | FAD:protein FMN transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / flavin transferase / bimetal center / lipoprotein / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information FAD:protein FMN transferase / oxidoreductase complex / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
Citation | Journal: Microbiologyopen / Year: 2016 Title: Molecular insights into the enzymatic diversity of flavin-trafficking protein (Ftp; formerly ApbE) in flavoprotein biogenesis in the bacterial periplasm. Authors: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xgx.cif.gz | 343.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xgx.ent.gz | 283.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xgx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xgx_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xgx_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4xgx_validation.xml.gz | 26.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4xgx_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xgvSC 4xgwC 4xhfC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37601.367 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Soluble fragment (UNP residues 21-351) / Mutation: Y60N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: apbE, yojK, yojL, b2214, JW5368 / Plasmid: pET-21 NESG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AB85, FAD:protein FMN transferase |
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-Non-polymers , 5 types, 391 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP, 0.2 M ammonium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350, 35% (v/v) ethylene glycol; |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 4, 2013 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 57017 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 0.932 / Net I/av σ(I): 29.6 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 231169 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4XGV Resolution: 1.9→28.264 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.91 Å2 / Biso mean: 33.4323 Å2 / Biso min: 3.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→28.264 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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