PDB-4xfh: cysteine dioxygenase variant - Y157F at pH 6.2 with cysteine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xfh

タイトル

cysteine dioxygenase variant - Y157F at pH 6.2 with cysteine

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / cysteine to cysteine sulfinic acid catalysis / thiol dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	NIH-DK-056649	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-98CH10886	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xfh.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xfh.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4ieuS 4ext 4ieo 4iep 4ieq 4ier 4ies 4iet 4iev 4iew 4iex 4iey 4iez 4jtn 4jto 4kwk 4kwl 4xfa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ubh-d 2gh2-d 4xf4-d 4xf1-d 5i0s-d 4iev-d 6u4l-d 4xfb-d 4ies-d 4xfi-d 4z82-d 4iez-d 4pix-d 4piz-d 4xf9-d 4iet-d 4xf3-d 6u4v-d 4xf0-d 5ezw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-708- HOH

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23042.889 Da / 分子数: 1 / 変異: Y157F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH=5.6, 24% PEG 4000, 0.15M ammonium acetate. 1:1 drop ratio with microseeding.; Soak solution at pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→28 Å / Num. all: 45246 / Num. obs: 45159 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 23 % / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ieu

4ieu

解像度: 1.35→27.023 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1928	4435	9.82 %	same 5% as 4ieu
R_work	0.1621	-	-	-
obs	0.1651	45159	97.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→27.023 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	8	319	1832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1642
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	2231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.757	623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3479-1.3632	0.3691	124	0.3609	988	X-RAY DIFFRACTION	73
1.3632-1.3792	0.3983	121	0.3364	1142	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3792-1.3961	0.3366	118	0.3284	1201	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3961-1.4137	0.3055	123	0.3311	1229	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4137-1.4323	0.3321	132	0.2682	1297	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4323-1.452	0.2825	136	0.2738	1320	X-RAY DIFFRACTION	97
1.452-1.4727	0.2626	154	0.2476	1364	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4727-1.4947	0.255	145	0.2204	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4947-1.518	0.2732	163	0.2096	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.518-1.5429	0.235	150	0.1941	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5429-1.5695	0.2172	170	0.1891	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5695-1.5981	0.1998	156	0.1616	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5981-1.6288	0.164	134	0.1649	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6288-1.662	0.1773	158	0.1573	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
1.662-1.6982	0.211	150	0.1631	1396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6982-1.7377	0.1746	156	0.1619	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7377-1.7811	0.1881	156	0.1572	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7811-1.8293	0.1879	137	0.1524	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8293-1.8831	0.183	132	0.1541	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8831-1.9438	0.1774	141	0.1512	1396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9438-2.0133	0.1776	167	0.1471	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0133-2.0939	0.1722	176	0.1498	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0939-2.1891	0.1878	137	0.1427	1422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1891-2.3045	0.1707	141	0.1452	1433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.4488	0.1781	146	0.1558	1385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4488-2.6377	0.1981	159	0.1573	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6377-2.9029	0.203	168	0.1582	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9029-3.3223	0.1978	158	0.152	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3223-4.1832	0.1732	159	0.1356	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1832-27.0288	0.1574	168	0.1471	1573	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.1794 Å / Origin y: 2.9526 Å / Origin z: -49.865 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0831 Å²	0.0016 Å²	-0.0013 Å²	-	0.0988 Å²	0.0042 Å²	-	-	0.0956 Å²
L	0.6982 °²	0.2991 °²	-0.2145 °²	-	0.7723 °²	0.0156 °²	-	-	0.8633 °²
S	-0.0006 Å °	-0.0012 Å °	-0.0133 Å °	0.0206 Å °	-0.0004 Å °	-0.0108 Å °	0.0489 Å °	-0.0175 Å °	-0.0008 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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