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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xff | |||||||||
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タイトル | cysteine dioxygenase variant - Y157F at pH 6.2 with dithionite | |||||||||
要素 | Cysteine dioxygenase type 1 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / cysteine to cysteine sulfinic acid catalysis / thiol dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / : / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Driggers, C.M. / Karplus, P.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016 タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase. 著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xff.cif.gz | 112.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xff.ent.gz | 84.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xff_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xff_full_validation.pdf.gz | 431.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xff_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xff_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xff | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4ieuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23042.889 Da / 分子数: 1 / 変異: Y157F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-THJ / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH=5.6, 24% PEG 4000, 0.15M ammonium acetate. 1:1 drop ratio with microseeding.; Soak solution at pH 6.2 with dithionite PH範囲: 5.6-6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→29 Å / Num. all: 49712 / Num. obs: 49645 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 24 % / Net I/σ(I): 29.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 41.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4ieu 解像度: 1.25→28.825 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→28.825 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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