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- PDB-4xes: Structure of active-like neurotensin receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xes
タイトルStructure of active-like neurotensin receptor
要素
  • Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera
  • Neurotensin/neuromedin N
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / membrane protein / G protein-coupled receptor / GPCR / neurotensin receptor / NTSR1
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antipsychotic drug / Peptide ligand-binding receptors / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / response to mineralocorticoid / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential ...response to antipsychotic drug / Peptide ligand-binding receptors / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / response to mineralocorticoid / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / neuron spine / regulation of respiratory gaseous exchange / neuropeptide hormone activity / digestive tract development / positive regulation of glutamate secretion / hyperosmotic response / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / G alpha (q) signalling events / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to corticosterone / temperature homeostasis / response to lipid / cellular response to lithium ion / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neuropeptide signaling pathway / response to axon injury / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / transport vesicle / response to amphetamine / peptidoglycan catabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / blood vessel diameter maintenance / liver development / adult locomotory behavior / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / learning / dendritic shaft / response to cocaine / visual learning / terminal bouton / cytoplasmic side of plasma membrane / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / response to estradiol / perikaryon / host cell cytoplasm / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily ...Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin / Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Krumm, B.E. / White, J.F. / Shah, P. / Grisshammer, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural prerequisites for G-protein activation by the neurotensin receptor.
著者: Krumm, B.E. / White, J.F. / Shah, P. / Grisshammer, R.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera
B: Neurotensin/neuromedin N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,98013
ポリマ－61,5052
非ポリマー1,47611
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.840, 88.440, 161.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / ...NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 60685.809 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 43-396 (P20789), residues 2-161 (P00720)
変異: A86L, E166A, G215A, V360A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Ntsr1, Ntsr / プラスミド: pFASTBAC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): cabbage looper / 参照: UniProt: P20789, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Neurotensin/neuromedin N


分子量: 819.007 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 157-162 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20068

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非ポリマー , 5種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 19.8-23.4% PEG400, 80 mM HEPES, 50 mM lithium citrate, 2 mM TCEP
PH範囲: 7.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→34.2 Å / Num. obs: 22591 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDS10 Jan 2014 Built=20140307データ削減
XSCALE4 Jul 2012, Built=20131111データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GRV

4grv


解像度: 2.6→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 28.246 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27972 1209 5.4 %RANDOM
Rwork0.22983 ---
obs0.23248 21352 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2---3.39 Å20 Å2
3---3.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3772 0 96 55 3923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9655137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76838267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2085473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14222.254142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54915567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3731525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8642.5311904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8492.5281903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4773.7892372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4843.7922373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1042.7761888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1032.7761888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7734.0652765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.31220.7564361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.31220.7724362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 89 5.6 %
Rwork0.381 1510 -
obs--98.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0278-0.60710.81582.885-1.32791.29780.10160.1525-0.01960.0105-0.06010.76410.1347-0.1263-0.04150.71650.04240.1290.34670.0340.5376-8.82532.0564-13.1266
20.339-0.84280.02343.52670.1530.03540.1033-0.1032-0.33210.09040.00220.15830.0498-0.0131-0.10560.70370.032-0.05460.57670.09010.7327.7512-24.0533-7.8499
31.0458-0.3246-0.21963.47530.75040.4542-0.18030.38370.17230.51150.0625-0.0149-0.0150.02110.11780.80020.0195-0.06580.21240.01660.36333.55210.1781-10.7872
41.35670.3781.69174.42235.28687.5022-0.32890.44860.05590.21220.4002-0.138-0.15550.9209-0.07130.6692-0.050.01870.66240.03050.634220.5926-23.0752-13.2165
52.0001-0.4202-0.10542.7941-1.15371.7761-0.15440.09930.27120.09350.1611-0.5322-0.12870.2497-0.00680.7495-0.0347-0.12740.2504-0.00470.524510.982710.2558-12.6295
60.6639-0.8051-0.08294.81451.64470.6674-0.00270.26080.12050.3350.0071-0.2248-0.00390.0735-0.00440.5912-0.00830.0090.30640.04240.3786.2679-9.6101-26.2894
70.7435-0.47080.09477.2487-2.35840.8359-0.02540.1187-0.11970.11650.18360.4280.1253-0.142-0.15820.5338-0.0194-0.03410.33120.00080.4059-3.27113.2578-21.6352
81.4079-3.0816-1.4877.74231.52924.6044-0.0390.0262-0.08180.22020.03960.1641-0.0663-0.2584-0.00050.5167-0.0611-0.04430.6383-0.02560.5563-6.0175-23.3878-14.2584
93.5355-2.5343-0.13974.5980.2820.382-0.0831-0.5532-0.52490.36120.07690.052-0.06190.23410.00620.2202-0.05080.00140.40760.1190.325815.3127-49.328-23.8539
103.91640.782-0.57723.1909-0.93253.2105-0.0286-0.01690.12620.10890.021-0.1379-0.1770.05850.00760.02060.01880.01960.099-0.01970.247916.1192-38.2474-38.5566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A50 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4A172 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6A251 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7A340 - 371
8X-RAY DIFFRACTION8A372 - 382
9X-RAY DIFFRACTION9A383 - 1053
10X-RAY DIFFRACTION10A1054 - 1165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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