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- PDB-4xee: Structure of active-like neurotensin receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xee
タイトルStructure of active-like neurotensin receptor
要素
  • Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera
  • Neurotensin/neuromedin N
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / membrane protein / G protein-coupled receptor / GPCR / neurotensin receptor / NTSR1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of locomotion / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion ...regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of locomotion / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / vocalization behavior / response to antipsychotic drug / neuron spine / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of behavioral fear response / regulation of respiratory gaseous exchange / neuropeptide hormone activity / cAMP biosynthetic process / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / digestive tract development / G alpha (q) signalling events / hyperosmotic response / positive regulation of glutamate secretion / response to mineralocorticoid / response to food / response to corticosterone / cellular response to lithium ion / temperature homeostasis / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to lipid / response to stress / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / associative learning / conditioned place preference / neuropeptide signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / response to axon injury / viral release from host cell by cytolysis / transport vesicle / peptidoglycan catabolic process / axon terminus / response to amphetamine / blood vessel diameter maintenance / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / adult locomotory behavior / learning / response to cocaine / liver development / cellular response to nerve growth factor stimulus / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / terminal bouton / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / response to estradiol / perikaryon / dendritic spine / host cell cytoplasm / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / receptor ligand activity / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : ...Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin / Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Krumm, B.E. / White, J.F. / Shah, P. / Grisshammer, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural prerequisites for G-protein activation by the neurotensin receptor.
著者: Krumm, B.E. / White, J.F. / Shah, P. / Grisshammer, R.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera
B: Neurotensin/neuromedin N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5737
ポリマ－61,5632
非ポリマー1,0105
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.070, 88.110, 161.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neurotensin receptor type 1, Endolysin chimera / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / ...NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 60743.840 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 43-396 (P20789), residues 2-161 (P00720)
変異: A86L, G215A, V360A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Ntsr1, Ntsr / プラスミド: pFASTBAC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): cabbage looper / 参照: UniProt: P20789, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド Neurotensin/neuromedin N


分子量: 819.007 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 157-162 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20068

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非ポリマー , 5種, 15分子

#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 16-24% PEG400, 75 mM HEPES, pH 7.0-8.0, 1.7 mM TCEP, 32 mM lithium citrate, 0.9 mM Neurotensin (8-13)
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46 Å / Num. obs: 14628 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDS10 Jan 2014データ削減
XSCALE10 Jan 2014データスケーリング
PHASERVersion 2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GRV

4grv


解像度: 2.9→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 47.622 / SU ML: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28126 769 5.3 %RANDOM
Rwork0.23127 ---
obs0.23386 13831 90.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---3.31 Å20 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 67 10 3801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.9635237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72538654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.88522.342158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03815629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8131528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9183.5681874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9123.5661873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5825.3472334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5835.352335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0033.8521991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9913.8471989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6775.6792902
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.59929.3494578
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.629.3624579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 59 -
Rwork0.321 957 -
obs--88.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82961.5199-0.88495.81210.36811.91140.08420.0780.12530.73180.2241-1.08950.15940.1143-0.30830.67870.0407-0.25610.3034-0.0180.337630.5902-42.0912-12.628
21.9538-0.78880.21236.66380.24990.049-0.07210.3668-0.09781.47390.0487-0.07540.05720.04430.02330.97060.06880.06470.192-0.02330.131322.4201-46.8106-9.694
314.6445-6.0703-13.93049.653.252714.19930.1236-0.0290.7517-0.20430.4925-0.282-0.1334-0.2901-0.61610.51020.0314-0.09050.5988-0.04460.70455.2828-19.4573-18.0571
43.8387-0.82350.72414.16070.29681.6148-0.1331-0.1019-0.28930.2370.23011.0660.172-0.3614-0.09690.78560.02410.21320.29670.05390.348712.6402-51.0954-10.62
51.16512.4453-0.80385.3181-2.21054.366-0.22460.1552-0.2551-0.28530.3771-0.39540.14280.0036-0.15240.40670.03680.02510.23880.06680.316815.9261-24.4322-26.6537
60.8257-2.1476-0.360910.460.1580.35160.0620.1817-0.04580.2431-0.0778-0.13940.0132-0.08360.01580.4969-0.02610.02750.293-0.04620.19723.6023-48.5642-23.2288
74.41821.2498-2.4474.5196-3.54923.31740.4697-0.2441-0.5928-0.6761-0.480.29980.31140.36960.01020.7862-0.091-0.12690.8631-0.12120.85532.2865-22.0844-13.6882
87.8423-4.2634-3.90233.65134.35.58850.0578-0.54291.0043-0.24060.1857-0.391-0.23560.2146-0.24350.37830.00950.01610.2895-0.06350.150411.79134.0058-27.4235
94.69480.36321.33713.77081.02822.552-0.0815-0.50230.05770.2593-0.07990.23010.1702-0.12790.16140.12130.02720.02520.0902-0.00420.01887.3449-3.6643-35.3251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A50 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3A166 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4A181 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5A245 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6A312 - 371
7X-RAY DIFFRACTION7A372 - 384
8X-RAY DIFFRACTION8A1002 - 1033
9X-RAY DIFFRACTION9A1034 - 1165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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