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- PDB-4xc3: Crystal structure of human 4E10 Fab in complex with its peptide e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xc3
タイトルCrystal structure of human 4E10 Fab in complex with its peptide epitope on HIV-1 gp41; crystals cryoprotected with rac-glycerol 1-phosphate
要素
  • 4E10 Fab heavy chain
  • 4E10 Fab light chain
  • MODIFIED FRAGMENT OF HIV-1 GLYCOPROTEIN (GP41) INCLUDING THE MPER REGION 671-683
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp41 MPER / 4E10 Fab / membrane lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / Unknown ligand / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10.
著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 4E10 Fab light chain
H: 4E10 Fab heavy chain
P: MODIFIED FRAGMENT OF HIV-1 GLYCOPROTEIN (GP41) INCLUDING THE MPER REGION 671-683
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1226
ポリマ－49,7783
非ポリマー3443
水13,709761
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.541, 44.704, 85.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-678-

TRP

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド MODIFIED FRAGMENT OF HIV-1 GLYCOPROTEIN (GP41) INCLUDING THE MPER REGION 671-683


分子量: 2201.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P05877*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 4E10 Fab light chain


分子量: 23395.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4E10 Fab heavy chain


分子量: 24180.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 764分子

#4: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ONE UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAS BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTION ENVIRONMENTS, ...ONE UNKNOWN LIGANDS (UNL) HAS BEEN MODELED. BASED ON ELECTRON DENSITY AND INTERACTION ENVIRONMENTS, THE COMPOUNDS MAY BE A FRAGMENT OF POLYETHYLENE GLYCOL 8000 OR A FEATURE RELATED TO THE RAC-GLYCEROL 1-PHOSPHATE COMPOUND SOAKED INTO THE CRYSTAL. THE DATA ARE INSUFFICIENT TO DISTINGUISH BETWEEN THE TWO COMPOUNDS AND THE TRUE IDENTITY OF THE LIGAND IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: The complex grew from 1:1 protein:reservoir solution sitting drops equilibrated against 20% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, pH 5.5, 0.2 M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111), non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→32.796 Å / Num. obs: 67194 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20.47
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-20000.98.701データ削減
HKL-20000.98.701データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
精密化解像度: 1.63→32.796 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1799 3359 5 %Random selection
Rwork0.1369 ---
obs0.139 67185 97.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→32.796 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 30 764 4180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0625200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1281425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.65230.2934980.24791862X-RAY DIFFRACTION68
1.6523-1.6770.28231200.22692284X-RAY DIFFRACTION84
1.677-1.70320.2941320.20232500X-RAY DIFFRACTION91
1.7032-1.73110.24981360.17822592X-RAY DIFFRACTION95
1.7311-1.7610.21531400.16022649X-RAY DIFFRACTION98
1.761-1.7930.24661420.14732700X-RAY DIFFRACTION97
1.793-1.82750.19311420.13272706X-RAY DIFFRACTION100
1.8275-1.86480.20161410.13252683X-RAY DIFFRACTION98
1.8648-1.90530.19221420.12992686X-RAY DIFFRACTION100
1.9053-1.94960.19551430.13422728X-RAY DIFFRACTION99
1.9496-1.99840.16411420.12962686X-RAY DIFFRACTION100
1.9984-2.05240.16691420.12792692X-RAY DIFFRACTION99
2.0524-2.11280.16111430.12012732X-RAY DIFFRACTION100
2.1128-2.18090.16931430.1222709X-RAY DIFFRACTION99
2.1809-2.25890.18381440.11432733X-RAY DIFFRACTION100
2.2589-2.34930.15141450.12072755X-RAY DIFFRACTION100
2.3493-2.45620.14871430.12892724X-RAY DIFFRACTION100
2.4562-2.58560.20011440.1392719X-RAY DIFFRACTION100
2.5856-2.74760.17081440.1442747X-RAY DIFFRACTION100
2.7476-2.95960.20251460.15192763X-RAY DIFFRACTION100
2.9596-3.25720.17521440.14512751X-RAY DIFFRACTION100
3.2572-3.72790.19341460.13432779X-RAY DIFFRACTION100
3.7279-4.69460.15941460.11632776X-RAY DIFFRACTION100
4.6946-32.80230.14721510.14542870X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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