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万見
- PDB-4xbz: Crystal Structure of EvdO1 from Micromonospora carbonacea var. au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbz
タイトルCrystal Structure of EvdO1 from Micromonospora carbonacea var. aurantiaca
要素EvdO1
キーワードOXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix
機能・相同性Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / NICKEL (II) ION / EvdO1
機能・相同性情報
生物種Micromonospora carbonacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily.
著者: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EvdO1
B: EvdO1
C: EvdO1
D: EvdO1
E: EvdO1
F: EvdO1
G: EvdO1
H: EvdO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,73022
ポリマ－300,7088
非ポリマー1,02214
水24,0141333
1
A: EvdO1
B: EvdO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4796
ポリマ－75,1772
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
2
C: EvdO1
D: EvdO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3865
ポリマ－75,1772
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
3
E: EvdO1
F: EvdO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3865
ポリマ－75,1772
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
4
G: EvdO1
H: EvdO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4796
ポリマ－75,1772
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.615, 109.432, 146.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D, chains E & F, and chains G & H).

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要素

#1: タンパク質
EvdO1


分子量: 37588.465 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora carbonacea (バクテリア)
株: var. aurantiaca / 遺伝子: evdO1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3KL03*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The authors state that the structure contains four dimers in the ASU and four partially ordered ...The authors state that the structure contains four dimers in the ASU and four partially ordered purification His tags, of which it is unclear what chain the tag belongs to. They are currently modeled as part of the polymer chains.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 100 mM sodium citrate, 13% PEG8000, crystals soaked with 2 mM NiCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.979
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.485
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.4851
Reflection冗長度: 7.7 % / 数: 462649 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.95 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 60108 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.865010.052.9067.3
6.247.8610.0662.3467.6
5.466.2410.0752.2567.7
4.965.4610.0782.3567.6
4.64.9610.0782.577.7
4.334.610.0842.5857.6
4.114.3310.0922.4887.7
3.944.1110.1032.3617.7
3.783.9410.1162.37.7
3.653.7810.1342.1867.7
3.543.6510.1441.9357.7
3.443.5410.1571.8227.7
3.353.4410.1811.7687.8
3.273.3510.2061.5967.8
3.193.2710.2411.4337.8
3.123.1910.2781.347.8
3.063.1210.2971.37.8
33.0610.3411.1987.8
2.95310.3861.1747.8
2.92.9510.4181.1377.8
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 120971 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 15.212 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 456961
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.10.44359730.7880.3010.5380.81499.1
2.34-2.383.30.41459990.8230.2730.4980.84899.2
2.38-2.433.50.36360210.8850.230.4310.84399.2
2.43-2.483.80.33360200.9220.1980.3880.8699.3
2.48-2.533.90.30459780.9350.1780.3520.84799.4
2.53-2.593.90.26360090.9480.1540.3050.86699.4
2.59-2.663.90.2260390.970.1290.2560.86899.5
2.66-2.733.90.21660290.9620.1260.250.92199.5
2.73-2.813.90.17260630.9750.1010.1990.89899.5
2.81-2.93.90.14960070.980.0870.1730.93199.6
2.9-33.90.1360070.9830.0760.1511.00799.7
3-3.123.90.11560600.9870.0670.1331.10799.7
3.12-3.263.90.10560670.9860.0620.1221.2399.7
3.26-3.443.90.08860740.9880.0520.1021.39199.7
3.44-3.653.90.07360890.9910.0430.0851.31399.8
3.65-3.933.90.06260390.9930.0360.0711.28799.8
3.93-4.333.90.05460980.9950.0320.0631.23899.8
4.33-4.953.90.05360820.9950.0310.0621.34399.8
4.95-6.243.90.0561120.9940.030.0581.10499.8
6.24-503.70.03662050.9980.0210.0420.51399.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.316 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 6079 5.03 %
Rwork0.183 114814 -
obs0.1857 120893 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.93 Å2 / Biso mean: 35.2407 Å2 / Biso min: 16.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19105 0 44 1333 20482
Biso mean--44.25 38.45 -
残基数----2396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07126778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5797220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2993-2.32550.32161590.23273699385895
2.3255-2.35280.31472250.23463805403099
2.3528-2.38150.29162310.22493732396399
2.3815-2.41170.32812060.22263839404599
2.4117-2.44340.28541900.21843777396799
2.4434-2.47690.27992150.21493806402199
2.4769-2.51220.27462040.21013808401299
2.5122-2.54970.29392250.20953814403999
2.5497-2.58960.30111800.20753745392599
2.5896-2.6320.31572070.21323868407599
2.632-2.67740.27351990.20013800399999
2.6774-2.72610.29152050.205638134018100
2.7261-2.77850.27631950.204338134008100
2.7785-2.83520.29891830.203438454028100
2.8352-2.89690.27362020.205238604062100
2.8969-2.96420.25722130.200838214034100
2.9642-3.03840.27351840.206538544038100
3.0384-3.12050.29211960.20837993995100
3.1205-3.21230.26112360.204738074043100
3.2123-3.31590.24022070.194338474054100
3.3159-3.43440.25081680.181838774045100
3.4344-3.57190.23772240.177338194043100
3.5719-3.73440.21451820.165238434025100
3.7344-3.93120.19072020.158138694071100
3.9312-4.17730.18252040.150338674071100
4.1773-4.49960.18592230.149238054028100
4.4996-4.9520.18622090.143438914100100
4.952-5.66740.17572020.160338694071100
5.6674-7.13610.24591960.180739004096100
7.1361-46.32510.19922070.17833922412999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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