PDB-4xaz: Cycles of destabilization and repair underlie evolutionary transi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xaz

タイトル

Cycles of destabilization and repair underlie evolutionary transitions in enzymes

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R18

キーワード

HYDROLASE / dynamics / evolution / phosphotriesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function.
著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2014年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xaz.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xaz.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xaz_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xaz_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	4xaz_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	4xaz_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pbeC 4pbfC 4pcnC 4pcpC 4xafC 4xagC 4xayC 4xd3C 4xd4C 4xd5C 4xd6C 4gy0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xag-d 6fu6-d 3cs2-2 2ob3-d 4xd6-d 2o4q-2 4keu-2 3cs2-1 6gbl-d 6fs3-d 2o4q-1 1eyw-1 3ura-d 3ur5-d 6bhl-d 1p6c-d 3urq-d 6g1j-1 2r1p-2 3htw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R18

G: Phosphotriesterase variant PTE-R18

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.098, 86.189, 88.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R18 分子量: 36251.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GYS7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Na Cacodylate, 30% methane-2,4-pentane diol / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→39.48 Å / Num. obs: 96390 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.08794 / Net I/σ(I): 17.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GY0

4gy0

解像度: 1.55→39.48 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	4822	5 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1754	96372	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5025	0	12	581	5618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.519	7535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.268	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	872
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.3154	155	0.2635	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5676-1.5861	0.2691	137	0.2436	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5861-1.6054	0.2882	177	0.2301	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6054-1.6257	0.2992	153	0.2267	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6257-1.6471	0.2691	158	0.2228	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6471-1.6697	0.2362	155	0.2209	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6697-1.6935	0.2913	158	0.2261	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6935-1.7188	0.261	142	0.2254	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7188-1.7457	0.2588	188	0.2207	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7457-1.7743	0.2714	156	0.2018	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.8049	0.2573	153	0.2034	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8377	0.2536	174	0.2043	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.8731	0.2408	160	0.1875	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8731-1.9113	0.2017	173	0.192	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.9529	0.2232	154	0.1852	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9529-1.9983	0.2075	141	0.1864	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9983-2.0482	0.2201	148	0.1864	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0482-2.1036	0.2288	155	0.1897	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1036-2.1655	0.2129	154	0.1775	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1655-2.2354	0.1984	156	0.172	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3153	0.2025	193	0.1719	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3153-2.408	0.2298	153	0.1676	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.408-2.5176	0.2235	160	0.1688	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5176-2.6503	0.1892	152	0.1721	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6503-2.8163	0.2163	152	0.1589	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8163-3.0336	0.1972	166	0.1583	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0336-3.3388	0.1709	183	0.1566	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3388-3.8216	0.183	164	0.1467	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8216-4.8134	0.15	181	0.1338	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8134-39.4967	0.1809	171	0.1689	3283	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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