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万見
- PDB-4xa8: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xa8
タイトルCrystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2
要素D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
キーワードOXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD binding / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding
機能・相同性情報
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Cymborowski, M.T. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2.
著者: Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Cymborowski, M.T. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7101
ポリマ－34,7101
非ポリマー00
水3,117173
1
A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4202
ポリマ－69,4202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.762, 63.714, 154.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding


分子量: 34709.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: Xaut_2571 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: A7IIH0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 UL OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 0.1% SODIUM AZIDE, 0.5 MM TCEP and 10 mM NADH WERE MIXED WITH 0.2 UL OF THE TOP96 CONDITION #34 (0.2M MAGNESIUM ...詳細: 0.2 UL OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 0.1% SODIUM AZIDE, 0.5 MM TCEP and 10 mM NADH WERE MIXED WITH 0.2 UL OF THE TOP96 CONDITION #34 (0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 6-HYDRATE, 0.1M HEPES, 25%W/V PEG 3350 PH=7.5) AND EQUILIBRATED AGAINST 1.5 M NACL SOLUTION IN 96 WELL 3 DROP CRYSTALLIZATION PLATE (SWISSCI). BEFORE CRYSTALLIZATION PROTEIN WAS INCUBATED WITH 1/50 V/V OF 1 MG/ML TEV SOLUTION AT 289 K FOR 1 HOUR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22335 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.392 / Net I/av σ(I): 36.413 / Net I/σ(I): 21.738 / Num. measured all: 201327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.939.60.8352.611100.7860.2760.8810.7596.9
1.93-1.979.40.71411140.8340.2370.7540.76293.9
1.97-2.019.50.57110780.8750.190.6030.81795.1
2.01-2.059.40.50411150.9070.1680.5320.84996
2.05-2.099.50.41710720.9420.1390.440.90993.5
2.09-2.149.30.33410950.9530.1120.3540.92595.5
2.14-2.199.30.27510960.9660.0930.2921.04595
2.19-2.259.30.23711030.9770.080.2511.09394.4
2.25-2.329.20.21110810.9810.0720.2231.21894.4
2.32-2.3990.18911190.9850.0640.21.17995.2
2.39-2.489.10.1610840.9880.0540.171.26994.3
2.48-2.588.90.14211130.9910.0480.151.33394.5
2.58-2.78.80.11811170.9930.040.1251.50194.6
2.7-2.848.60.10110980.9950.0350.1071.64595.7
2.84-3.028.40.08411260.9960.0290.091.88195.2
3.02-3.258.30.07111170.9970.0250.0762.04394.1
3.25-3.587.90.05511290.9980.020.0592.19495.5
3.58-4.0980.04711340.9980.0170.052.30296.2
4.09-5.168.60.04211920.9990.0140.0442.19598.3
5.16-5010.10.04112420.9990.0130.0432.16796.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KBO

3kbo


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.1611 / FOM work R set: 0.8571 / SU B: 6.843 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1489 / SU Rfree: 0.1395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 1098 4.9 %RANDOM
Rwork0.1632 21164 --
obs0.1655 22262 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.97 Å2 / Biso mean: 39.663 Å2 / Biso min: 19.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0 Å20 Å2
2---1.24 Å2-0 Å2
3---2.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 0 173 2443
Biso mean---46.46 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.9623186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83735177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5555301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12722.44998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68215350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4211522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5182.131204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5182.1281203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1543.1831502
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 70 -
Rwork0.219 1550 -
all-1620 -
obs--94.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.19683.65090.69135.3818-0.30525.33790.0635-0.03880.1806-0.0573-0.04050.42340.0303-0.586-0.0230.12370.01220.01810.1851-0.02610.0772-22.032-8.934-14.837
21.98121.3352-0.52966.06290.6117.31430.0613-0.16980.00710.5111-0.11870.1579-0.1245-0.25130.05730.18-0.01560.01720.1556-0.02740.0097-16.876-6.56-5.203
30.4051-0.22692.17878.4713-2.225512.31770.02780.1181-0.08160.7120.2056-1.1290.38150.8439-0.23350.34090.095-0.04930.3145-0.01910.2616-10-15.549-6.537
40.35910.5816-0.13452.3514-1.96443.8156-0.0096-0.04390.12060.02240.0760.04230.0528-0.1119-0.06640.1017-0.0006-0.01610.16080.00580.11973.101-6.338-39.069
52.6017-0.2467-0.15352.1217-0.34693.1029-0.0431-0.0848-0.121-0.08070.0198-0.00030.08860.01350.02330.12220.0339-0.0070.1450.0060.100210.905-19.864-32.308
63.0384-0.7960.65452.1566-0.01381.0332-0.1784-0.43590.34710.27560.1631-0.1816-0.0079-0.02190.01530.10610.0444-0.04360.1629-0.04950.053213.983-9.659-23.032
72.6904-1.2883-0.72933.47550.5051.6292-0.0975-0.07550.19670.18770.0718-0.0414-0.153-0.15780.02570.14370.0284-0.03290.141-0.00820.11221.570.069-25.284
83.5131-1.48870.45146.4896-1.95616.5260.0227-0.0375-0.45920.27120.02180.19640.9715-0.1446-0.04450.3003-0.07230.01080.0904-0.04460.0914-18.044-21.298-13.057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5A136 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6A181 - 253
7X-RAY DIFFRACTION7A254 - 285
8X-RAY DIFFRACTION8A286 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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