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- PDB-3kbo: 2.14 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kbo
タイトル2.14 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium in Complex with NADP
要素Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / NAD / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A, Enterobacterales / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDB / Chem-NDP / Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.14 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium in Complex with NADP.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
B: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
C: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
D: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,83719
ポリマ－142,8824
非ポリマー3,95415
水9,998555
1
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
D: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,52410
ポリマ－71,4412
非ポリマー2,0838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27620 Å2
手法PISA
2
B: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
C: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3129
ポリマ－71,4412
非ポリマー1,8717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.621, 45.585, 112.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / 2-ketoacid reductase


分子量: 35720.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ghrA, STM1135, ycdW / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q8ZQ30, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase

-
非ポリマー , 5種, 570分子

#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-NDB / N-(2-hydroxyethyl)-N,N-dimethyl-3-sulfopropan-1-aminium / NDSB-211


分子量: 212.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H18NO4S
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.3M NDSB-211, 30% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10mm NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, ...詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.3M NDSB-211, 30% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10mm NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K; Cryo: oil, paratone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月13日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→30 Å / Num. all: 75710 / Num. obs: 75710 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3610 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.853 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26879 3806 5 %RANDOM
Rwork0.21092 ---
all0.21387 71864 --
obs0.21387 71864 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20.23 Å2
2--5.13 Å2-0 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9900 0 243 555 10698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.98214344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87317228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.76251262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66423.486479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.693151667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6821584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2861.56290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3751.52514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.147210124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.46934203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.874.54220
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 232 -
Rwork0.297 4985 -
obs-4985 92.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46030.11990.00610.3025-0.26630.89410.0407-0.03010.0403-0.0344-0.02270.02520.02680.0321-0.0180.0496-0.00530.0010.00540.00520.052219.3614-0.9043-21.2531
20.43930.12750.26230.08260.16680.355-0.03410.01660.0690.0058-0.00620.01320.0011-0.02370.04040.067-0.0048-0.00810.01260.00570.071422.66375.96039.5326
30.78170.23630.01790.25220.07590.4485-0.05050.02790.10070.02430.00550.0498-0.0099-0.08790.0450.03850.0118-0.01730.02550.00250.068513.24767.194112.9317
40.07190.0390.20870.24750.42281.2802-0.01540.0230.0438-0.01950.01130.00550.0098-0.00990.00410.0433-0.0198-0.02190.03160.04730.075120.03873.6112-4.5158
50.32210.2222-0.29630.93890.18760.82410.0293-0.07030.07310.06450.00420.0274-0.05670.0643-0.03360.0418-0.02090.00470.0581-0.00570.041939.571418.531897.8761
60.15860.03610.00840.0417-0.05180.20510.02050.00640.0094-0.01750.01080.0195-0.01770.036-0.03130.0625-0.0168-0.00130.03070.01320.067128.095515.362666.6234
70.48860.0242-0.01070.173-0.00680.19080.00070.04470.0772-0.0048-0.0065-0.0084-0.0260.05430.00590.0519-0.01370.00260.02130.01040.084837.052122.659965.5416
80.4456-0.12790.23270.1256-0.10940.56720.0171-0.09350.0528-0.01570.01040.0275-0.00230.0799-0.02750.0401-0.00310.00960.0615-0.01850.053437.259113.647584.126
90.65110.0585-0.2760.0419-0.16870.8172-0.0051-0.01110.0008-0.0155-0.00110.0130.00460.00770.00620.0559-0.00320.00130.0004-0.00110.06455.6097-1.95835.8041
100.44770.1580.0460.11750.12780.22020.0079-0.02270.02670.0007-0.01030.00240.0076-0.01690.00230.0590.0005-0.00520.01380.00240.064315.900811.5970.1266
110.41810.0965-0.16450.2208-0.04250.2626-0.02440.05940.02730.02360.00710.0267-0.0181-0.03370.01730.05290.0053-0.00750.01480.01580.06512.8318.663566.3382
120.08820.11880.11720.34440.04660.69070.021-0.0586-0.027-0.0116-0.0715-0.04420.13250.07630.05050.05960.00760.00980.09550.03770.053710.7608-8.980145.0105
130.6030.44710.11240.54870.01490.96220.0533-0.01620.05580.1272-0.00910.0591-0.09810.0294-0.04420.0638-0.00310.03040.02160.00630.025451.314418.658743.0773
140.48380.16940.34630.07270.12160.4524-0.03740.06550.0352-0.02430.03850.0381-0.0650.1146-0.0010.0635-0.0217-0.01330.04960.02560.058940.542714.981311.8914
150.79560.0714-0.03010.3837-0.01210.2979-0.09810.08620.1595-0.05010.06230.0432-0.05960.14220.03580.0531-0.0552-0.01650.0920.03660.061649.54122.154110.4249
160.48320.1440.43290.04350.12960.4066-0.0308-0.00120.0468-0.01230.00170.016-0.02890.03110.02910.03870.00370.01230.0622-0.00330.063848.6814.681928.7217
170.60040.3334-0.8830.2038-0.66893.0135-0.07120.13670.0865-0.02610.06690.035-0.0046-0.10950.00430.0677-0.0053-0.00410.04670.01410.083116.5018-0.632.8276
184.26940.6566-1.86050.1231-0.17181.41170.0844-0.02170.1582-0.0092-0.01070.021-0.1618-0.0076-0.07370.0519-0.01410.00320.05090.00290.063541.024916.709275.4442
190.5569-0.25580.54160.1176-0.24840.5531-0.01350.0522-0.01370.0093-0.02020.0081-0.01360.02190.03370.0762-0.00470.00650.0637-0.03140.0894.459-0.243357.6877
200.1802-0.2529-0.49650.36280.76872.03390.0070.0155-0.0333-0.0288-0.00420.0364-0.16590.1398-0.00280.0801-0.0285-0.00040.0738-0.00830.05753.010416.60120.5402
210.00250.0698-0.351.9495-9.761148.88070.0315-0.0002-0.00030.13640.06720.0271-0.7029-0.1774-0.09870.0929-0.0794-0.01350.13990.01930.13837.1775-3.1945-26.9217
2247.24686.069516.34381.83291.99385.6646-0.35573.57290.43980.02390.23770.3585-0.12851.26550.1180.1261-0.06470.01420.52440.0650.168737.2841.599511.9784
236.65529.757619.064214.318628.564299.55590.26521.0913-0.54630.31171.6264-0.7877-1.73583.1819-1.89160.22770.0233-0.04090.1992-0.03710.186925.48281.970766.6664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3A171 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4A256 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6B80 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7B157 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8B266 - 312
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10C91 - 156
11X-RAY DIFFRACTION11C157 - 279
12X-RAY DIFFRACTION12C280 - 312
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 79
14X-RAY DIFFRACTION14D80 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15D158 - 263
16X-RAY DIFFRACTION16D264 - 312
17X-RAY DIFFRACTION17A313
18X-RAY DIFFRACTION18B313
19X-RAY DIFFRACTION19C313
20X-RAY DIFFRACTION20D313
21X-RAY DIFFRACTION21A314
22X-RAY DIFFRACTION22D314
23X-RAY DIFFRACTION23B314

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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