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Yorodumi- PDB-4xa8: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xa8 | ||||||
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Title | Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2 | ||||||
Components | D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
Function / homology | D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD binding / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding Function and homology information | ||||||
Biological species | Xanthobacter autotrophicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Cymborowski, M.T. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase from Xanthobacter autotrophicus Py2. Authors: Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Cymborowski, M.T. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xa8.cif.gz | 135 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xa8.ent.gz | 103 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xa8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xa8_validation.pdf.gz | 425 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xa8_full_validation.pdf.gz | 427.3 KB | Display | |
Data in XML | 4xa8_validation.xml.gz | 14.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4xa8_validation.cif.gz | 20.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kboS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 34709.789 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (bacteria) / Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: Xaut_2571 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIL / References: UniProt: A7IIH0 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 41.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 UL OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 0.1% SODIUM AZIDE, 0.5 MM TCEP and 10 mM NADH WERE MIXED WITH 0.2 UL OF THE TOP96 CONDITION #34 (0.2M MAGNESIUM ...Details: 0.2 UL OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL, 0.1% SODIUM AZIDE, 0.5 MM TCEP and 10 mM NADH WERE MIXED WITH 0.2 UL OF THE TOP96 CONDITION #34 (0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 6-HYDRATE, 0.1M HEPES, 25%W/V PEG 3350 PH=7.5) AND EQUILIBRATED AGAINST 1.5 M NACL SOLUTION IN 96 WELL 3 DROP CRYSTALLIZATION PLATE (SWISSCI). BEFORE CRYSTALLIZATION PROTEIN WAS INCUBATED WITH 1/50 V/V OF 1 MG/ML TEV SOLUTION AT 289 K FOR 1 HOUR |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 22335 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.392 / Net I/av σ(I): 36.413 / Net I/σ(I): 21.738 / Num. measured all: 201327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KBO Resolution: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.1611 / FOM work R set: 0.8571 / SU B: 6.843 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1489 / SU Rfree: 0.1395 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.97 Å2 / Biso mean: 39.663 Å2 / Biso min: 19.82 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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