[日本語] English
万見
- PDB-4wzc: Understanding Extradiol Dioxygenase Mechanism in NAD+ Biosynthesi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzc
タイトルUnderstanding Extradiol Dioxygenase Mechanism in NAD+ Biosynthesis by Viewing Catalytic Intermediates - 2,3-cis-4,5-trans ACMS bound to I142A mutant HAO
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / bi-cupin iron-binding / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / quinolinate biosynthetic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1UC / : / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.842 Å
データ登録者Liu, F. / Liu, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Probing Extradiol Dioxygenase Mechanism in NAD+ Biosynthesis by Viewing Reaction Cycle Intermediates
著者: Liu, F. / Liu, A.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7264
ポリマ－20,4291
非ポリマー2973
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.282, 58.282, 230.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / HAD


分子量: 20428.996 Da / 分子数: 1 / 変異: I142A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: nbaC, Rmet_5193 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1LCS4, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-1UC / (2E)-2-amino-3-[(1E)-3-oxoprop-1-en-1-yl]but-2-enedioic acid


分子量: 185.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 191 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 21142 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 17.6 % / Net I/σ(I): 56.47

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 4R52

4r52


解像度: 1.842→34.047 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 947 5.11 %Random selection
Rwork0.2046 ---
obs0.2071 18518 87.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.842→34.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1403 15 98 1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0231475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6562015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.67538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8423-1.93950.2964800.22631360X-RAY DIFFRACTION49
1.9395-2.0610.27311090.21681973X-RAY DIFFRACTION72
2.061-2.22010.26881480.21142622X-RAY DIFFRACTION94
2.2201-2.44340.28591530.20232818X-RAY DIFFRACTION100
2.4434-2.79690.25251540.21742830X-RAY DIFFRACTION100
2.7969-3.52320.2711480.21212870X-RAY DIFFRACTION99
3.5232-34.05330.24231550.19493098X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る