PDB-4wx8: Crystal structure of binary complex Gon7-Pcc1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wx8

タイトル

Crystal structure of binary complex Gon7-Pcc1

要素

EKC/KEOPS complex subunit GON7
EKC/KEOPS complex subunit PCC1

キーワード

CELL CYCLE / KEOPS / Gon7-Pcc1 / tRNA t6A

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cell wall mannoprotein biosynthetic process / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance / maintenance of translational fidelity / chromatin DNA binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Zhang, W. / Van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of the Gon7/Pcc1 and Bud32/Cgi121 complexes provide a model for the complete yeast KEOPS complex.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Graille, M. / Daugeron, M.C. / Lazar, N. / Libri, D. / Durand, D. / van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2014年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wx8.cif.gz	168.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wx8.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wx8_validation.pdf.gz	481 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wx8_full_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示
XML形式データ	4wx8_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	4wx8_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ww5C 4ww7C 4ww9C 4wwaC 4wxaC 4xahC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l0y-4 2kxy-d 2cdo-2 2m2k-d 5m9e-1 1ci3-d 3vnx-d 5m9e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

B: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

C: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

E: EKC/KEOPS complex subunit GON7

F: EKC/KEOPS complex subunit GON7

ヘテロ分子

74.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

A: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

E: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

F: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: EKC/KEOPS complex subunit PCC1

ヘテロ分子

D: EKC/KEOPS complex subunit GON7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.100, 102.500, 88.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	D
2	2	E

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	7 - 90
2	1	1	4	B	7 - 90
3	1	1	4	C	7 - 90
1	1	2	4	D	2 - 113
2	1	2	4	E	2 - 113

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.162983, 0.881485, 0.443194), (-0.882217, -0.331321, 0.334544), (0.441735, -0.336468, 0.831661)	-73.66135, 53.51404, 45.65115
3	given	(-0.54824, -0.590229, 0.592505), (0.584933, -0.776969, -0.232751), (0.597734, 0.218972, 0.77121)	6.01756, 115.58437, 33.65894
4	given	(1), (1), (1)
5	given	(0.150449, -0.878948, -0.452565), (-0.880888, -0.326988, 0.34222), (-0.448777, 0.347173, -0.82345)	87.29021, 52.82147, 118.23556

#1: タンパク質	EKC/KEOPS complex subunit PCC1 / Polarized growth chromatin-associated controller 1 分子量: 10975.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCC1, YKR095W-A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q3E833
#2: タンパク質	EKC/KEOPS complex subunit GON7 / Low-dye-binding protein 6 / Polarized growth chromatin-associated controller 2 分子量: 13763.696 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GON7, LDB6, PCC2, YJL184W, J0420 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P46984
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 6.5, 20% PEG1500, 20% Glycerol, 3% Methanol PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→43.53 Å / Num. obs: 13327 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 3.83 % / Net I/σ(I): 8.08
反射シェル	解像度: 2.992→3.099 Å / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

解像度: 2.99→43.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 42.091 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.274 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30816	667	5 %	RANDOM
R_work	0.25079	-	-	-
obs	0.25377	12660	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	-0 Å²	-1.51 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.99→43.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3060	0	4	14	3078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.987	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.678	3	6499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.859	5	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.634	25.965	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.271	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.714	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.581	3.645	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.566	3.642	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.134	6.106	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.133	6.108	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.482	3.814	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.48	3.815	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.746	6.333	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.608	8.119	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.608	8.119	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	979	medium positional	0.56	0.5
1	1	B	979	medium positional	0.48	0.5
1	1	B	979	medium positional	0.53	0.5
2	2	D	804	medium positional	0.4	0.5
1	1	A	979	medium thermal	4.27	5
1	1	B	979	medium thermal	3.48	5
1	1	C	979	medium thermal	4.2	5
2	2	D	804	medium thermal	3.49	5

LS精密化シェル

解像度: 2.992→3.069 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.473	49	-
R_work	0.4	936	-
obs	-	-	96.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2893	0.7005	0.9736	2.4155	1.9724	3.0657	-0.297	0.047	0.1092	-0.1716	-0.024	0.2458	-0.2925	-0.3271	0.321	0.3584	0.0648	0.1373	0.4266	0.022	0.128	-4.828	68.633	82.598
2	1.3993	-0.1592	-0.83	2.4124	0.0521	2.3232	-0.1195	0.2002	-0.158	-0.2741	0.1128	0.0259	0.2101	-0.6787	0.0066	0.386	-0.1368	0.1204	0.5307	-0.0326	0.0621	-8.208	43.188	66.451
3	3.9283	1.2029	-0.0182	2.9877	-0.0215	3.3914	-0.0096	0.6157	-0.0175	-0.5488	0.0781	0.1664	0.4514	0.0058	-0.0685	0.588	-0.0528	0.1733	0.571	-0.0187	0.1292	8.325	53.604	42.669
4	1.4496	-1.8826	2.1103	2.7631	-2.6298	3.2752	-0.1537	0.3177	0.3731	-0.0564	-0.3464	-0.7174	-0.1642	0.7429	0.5001	0.4621	0.0157	0.2289	0.6774	0.0458	0.297	22.844	68.211	68.278
5	0.4144	0.1313	0.1671	0.0519	0.0063	0.3028	-0.0733	0.0713	-0.2339	-0.1214	0.0357	-0.1013	0.458	0.0074	0.0376	1.0349	-0.1044	0.3235	0.5978	-0.0331	0.2165	-0.548	34.881	75.061
6	3.9911	-2.7018	2.2973	3.8519	-1.7575	4.0444	0.119	0.6337	0.7643	-0.2912	-0.1369	-0.274	-0.0255	0.5821	0.0178	0.515	-0.0713	0.1821	0.4663	0.0799	0.2941	15.235	62.177	49.324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	9 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 94

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関連情報:EMDBヘッダ

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