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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wx7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of adenovirus 8 protease with a nitrile inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / cysteine protease / inhibitor / covalent | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenain / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / virion component / viral capsid / host cell cytoplasm / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus ...adenain / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / virion component / viral capsid / host cell cytoplasm / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus D serotype 8 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K. ...Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K. / Jarousse, N. / Altmann, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Structure-based design and optimization of potent inhibitors of the adenoviral protease. 著者: Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K.D. / Jarousse, N. / Altmann, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wx7.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wx7.ent.gz | 76.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wx7_validation.pdf.gz | 898.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wx7_full_validation.pdf.gz | 910.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wx7_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wx7_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22993.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human adenovirus D serotype 8 (ヒトアデノウイルス) 遺伝子: L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9A5C1 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1370.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human adenovirus D serotype 8 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: B9A5F5 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Reservoir: 20% w/v PEG3350, 0.2 M Na citrate Crystallization Protein Solution = 20 mg/ml adenain in 20 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 7.6, nominal 5 mM inhibitor (precipitate) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→35.33 Å / Num. obs: 15648 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.37 % / Biso Wilson estimate: 30.486 Å2 / Rmerge F obs: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 6.73 / Num. measured all: 52847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→35.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.78 / SU B: 15.904 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.63 Å2 / Biso mean: 23.436 Å2 / Biso min: 9.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→35.33 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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