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- PDB-1wnw: D136N mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1wnw | ||||||
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Title | D136N mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) | ||||||
![]() | Heme oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Heme / alpha-helix | ||||||
Function / homology | ![]() heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Unno, M. / Matsui, T. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Roles of Distal Asp in Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, HmuO: A WATER-DRIVEN OXYGEN ACTIVATION MECHANISM Authors: Matsui, T. / Furukawa, M. / Unno, M. / Tomita, T. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 271 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 220.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 24169.172 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D136N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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-Non-polymers , 5 types, 408 molecules ![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: MES, Glycerol, Sodium iodide, Ammonium Sulfate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 75503 / Num. obs: 75503 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.716 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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