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Yorodumi- PDB-1wnw: D136N mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1wnw | ||||||
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Title | D136N mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) | ||||||
Components | Heme oxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Heme / alpha-helix | ||||||
Function / homology | Function and homology information heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Unno, M. / Matsui, T. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2005 Title: Roles of Distal Asp in Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, HmuO: A WATER-DRIVEN OXYGEN ACTIVATION MECHANISM Authors: Matsui, T. / Furukawa, M. / Unno, M. / Tomita, T. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1wnw.cif.gz | 266.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1wnw.ent.gz | 226.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1wnw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 24169.172 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D136N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Plasmid: PMW172 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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-Non-polymers , 5 types, 408 molecules
#2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: MES, Glycerol, Sodium iodide, Ammonium Sulfate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 75503 / Num. obs: 75503 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.51 / SU ML: 0.083 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.716 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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