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万見
- PDB-4wwq: Apo structure of the Grb7 SH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwq
タイトルApo structure of the Grb7 SH2 domain
要素Growth factor receptor-bound protein 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / src Homology Domain / phosphotyrosine binding pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol binding / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Watson, G.M. / Ambaye, N.D. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Cyclic Peptides Incorporating Phosphotyrosine Mimetics as Potent and Specific Inhibitors of the Grb7 Breast Cancer Target.
著者: Watson, G.M. / Gunzburg, M.J. / Ambaye, N.D. / Lucas, W.A. / Traore, D.A. / Kulkarni, K. / Cergol, K.M. / Payne, R.J. / Panjikar, S. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4853
ポリマ－27,3812
非ポリマー1041
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.000, 84.000, 75.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain residues 438-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5%(v/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.495 Å / Num. all: 28306 / Num. obs: 28306 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 5.726 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 318795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.911.30.5491.44643141250.1710.5494.9100
1.9-2.0111.30.3642.14364438720.1130.3647.2100
2.01-2.1511.30.2413.24159636790.0750.24110.6100
2.15-2.3211.30.184.23858334080.0560.1813.7100
2.32-2.5511.30.145.43558131440.0440.1416.6100
2.55-2.8511.30.1116.63213228330.0340.11120.2100
2.85-3.2911.30.0778.82856725250.0240.07725.8100
3.29-4.0211.30.0619.72411621420.0190.06134.3100
4.02-5.6911.10.05310.71834816480.0170.05336.9100
5.69-27.49510.50.05110.797979300.0160.05133.499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 2QMS

2qms


解像度: 1.8→27.495 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 1424 5.04 %
Rwork0.1691 26857 -
obs0.1705 28281 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.52 Å2 / Biso mean: 21.6853 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→27.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1819 0 9 160 1988
Biso mean--16.67 28.62 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1922515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.028682
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A955X-RAY DIFFRACTION16.494TORSIONAL
12B955X-RAY DIFFRACTION16.494TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8001-1.86440.23171350.206827042839
1.8644-1.9390.22511380.186426442782
1.939-2.02730.21551430.178726922835
2.0273-2.13410.20891540.171426562810
2.1341-2.26780.20241470.169526802827
2.2678-2.44280.2081560.172826522808
2.4428-2.68840.19941600.177726682828
2.6884-3.0770.20281400.185826882828
3.077-3.87490.17851350.153426942829
3.8749-27.49860.1811160.153527792895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.83531.8778-2.32987.0922-2.57043.6831-0.0128-0.28320.04920.16-0.2104-0.4731-0.0890.14590.18940.11980.012-0.02320.11020.0240.153532.190220.49264.7864
23.3382-0.00770.17552.6434-0.11383.4345-0.07960.1332-0.05760.0410.10580.30910.0127-0.2173-0.01890.104-0.00590.00810.0850.04630.116427.16885.95873.6098
35.2572-0.53680.67694.9772-0.58084.1441-0.05430.025-0.1166-0.0120.0138-0.10060.26990.1271-0.01880.09790.01810.03280.05090.01140.065640.10434.3018-3.158
42.3932-1.4284-0.88722.81443.35514.6634-0.00370.07940.0786-0.0473-0.18070.5559-0.2579-0.50120.13270.17350.0173-0.0160.15750.0480.176626.898912.6215-2.7233
58.6936-1.7880.06511.80481.01630.78870.19090.2189-0.2689-0.4278-0.1794-0.15110.03560.11760.0070.24130.0511-0.01160.17270.05730.202829.875514.6917-23.4385
62.69030.02390.26082.02320.16892.44830.0651-0.0601-0.03580.0113-0.0014-0.00630.07170.0804-0.04120.07990.0226-0.02670.09690.01270.086623.300426.328-17.4996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 421 through 437 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 438 through 487 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 488 through 518 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 519 through 532 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 414 through 448 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 449 through 532 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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