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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qyx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with androstenedione and NADP | ||||||
![]() | Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 17bHSD1 / androstenedione / C19-steroid / NADP binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / small molecule binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, R. / Lin, S.X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cofactor hydrogen bonding onto the protein main chain is conserved in the short chain dehydrogenase/reductase family and contributes to nicotinamide orientation. 著者: Shi, R. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN Several atoms belonging to Nicotinamide part of HETNAM 'NAP' could not be modeled and are ...HETEROGEN Several atoms belonging to Nicotinamide part of HETNAM 'NAP' could not be modeled and are missing from the coordinates |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 520.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly (homodimer) is generated by the two fold axis: -X, Y, -Z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ASD / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with testosterone and NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→30 Å / Num. all: 65964 / Num. obs: 24387 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2478 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JTV 解像度: 1.89→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.7 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.97 Å /
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