+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wwq | ||||||
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Title | Apo structure of the Grb7 SH2 domain | ||||||
Components | Growth factor receptor-bound protein 7 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / src Homology Domain / phosphotyrosine binding pocket | ||||||
Function / homology | Function and homology information GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / stress granule assembly / Tie2 Signaling / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Watson, G.M. / Ambaye, N.D. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015 Title: Cyclic Peptides Incorporating Phosphotyrosine Mimetics as Potent and Specific Inhibitors of the Grb7 Breast Cancer Target. Authors: Watson, G.M. / Gunzburg, M.J. / Ambaye, N.D. / Lucas, W.A. / Traore, D.A. / Kulkarni, K. / Cergol, K.M. / Payne, R.J. / Panjikar, S. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wwq.cif.gz | 109.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wwq.ent.gz | 82.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wwq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4x6sC 2qmsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 13690.711 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SH2 domain residues 438-555 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GRB7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q14451 #2: Chemical | ChemComp-MLA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5%(v/v) Jeffamine ED-2001 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 8, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→27.495 Å / Num. all: 28306 / Num. obs: 28306 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 5.726 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 318795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 2QMS Resolution: 1.8→27.495 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.52 Å2 / Biso mean: 21.6853 Å2 / Biso min: 6.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→27.495 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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