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- PDB-4wwf: High-resolution structure of two Ni-bound forms of the M123C muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwf
タイトルHigh-resolution structure of two Ni-bound forms of the M123C mutant of C. metallidurans CnrXs
要素Nickel and cobalt resistance protein CnrR
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / nickel sensor
機能・相同性Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / periplasmic space / NICKEL (II) ION / Nickel and cobalt resistance protein CnrR
機能・相同性情報
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Volbeda, A. / Coves, J. / Maillard, A.P. / Kinnemann, S. / Grosse, C. / Schleuder, G. / Petit-Hurtlein, I. / de Rosny, E. / Nies, D.H.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: Response of CnrX from Cupriavidus metallidurans CH34 to nickel binding.
著者: Maillard, A.P. / Kunnemann, S. / Groe, C. / Volbeda, A. / Schleuder, G. / Petit-Hartlein, I. / de Rosny, E. / Nies, D.H. / Coves, J.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
B: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7085
ポリマ－26,5682
非ポリマー1403
水6,972387
1
A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子

A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6854
ポリマ－26,5682
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
2
B: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子

B: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7316
ポリマ－26,5682
非ポリマー1634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area3150 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.910, 47.520, 193.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-496-

HOH

21B-367-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Nickel and cobalt resistance protein CnrR


分子量: 13283.821 Da / 分子数: 2 / 断片: Metal-sensor domain of CnrX, UNP residues 31-148 / 変異: M123C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: cnrR, cnrX, Rmet_6206, RMe0087 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37975
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, HEPES, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98027 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98027 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→25 Å / Num. obs: 156029 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 11.987 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 16.03 / Num. measured all: 937411
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.1-1.160.7820.5863.518083723534224870.68995.6
1.16-1.240.8870.4155.178914524504236820.48396.6
1.24-1.340.9380.4057.6410055423029224420.45597.5
1.34-1.470.9720.34711.2912317421428210540.37898.3
1.47-1.640.9890.23217.1714840018578184400.24899.3
1.64-1.90.9960.12223.2914369717202171520.1399.7
1.9-2.320.9980.06132.4511480613890138800.06599.9
2.32-3.270.9990.04639.948997810856108470.04999.9
3.27-160.9990.03848.1746657601260020.04199.8
16-2010.04934.519419190.061100
20-230.9990.03236.693511110.04100
2310.0429.223418130.05872.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.1417 / WRfactor Rwork: 0.1113 / FOM work R set: 0.9307 / SU B: 0.91 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0279 / SU Rfree: 0.0295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1448 4038 5 %RANDOM
Rwork0.115 77363 --
obs0.1164 77363 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.99 Å2 / Biso mean: 13.88 Å2 / Biso min: 3.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 4 429 2153
Biso mean--13.78 22.85 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9683012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713.0015039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2255305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58322.721136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86115428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6551540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1160.9871014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1070.9831013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5111.8591295
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.38634390
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.542591
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.90454638
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 317 -
Rwork0.197 5514 -
all-5831 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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