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- PDB-3epv: X-ray Structure of the Metal-sensor CnrX in both the Apo- and Cop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3epv | ||||||
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Title | X-ray Structure of the Metal-sensor CnrX in both the Apo- and Copper-bound Forms | ||||||
![]() | Nickel and cobalt resistance protein cnrR | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / all alpha helix / Cobalt / Nickel | ||||||
Function / homology | Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / COPPER (II) ION / Nickel and cobalt resistance protein CnrR![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray structure of the metal-sensor CnrX in both the apo- and copper-bound forms. Authors: Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 107 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 468.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12409.807 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: metal-sensor domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% PEG 2000 MME, 10% Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SAD / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97961 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 14.2 / Number: 286504 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / D res high: 1.74 Å / D res low: 46.6 Å / Num. obs: 45563 / % possible obs: 97.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.742→46.6 Å / Num. obs: 45563 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 14.152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.45 Å2 / Biso mean: 19.949 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.742→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.742→1.787 Å / Total num. of bins used: 20
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