PDB-5lfl: MamA RS-1 ArsTM double mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lfl

タイトル

MamA RS-1 ArsTM double mutant

要素

Magnetosome protein MamA

キーワード

PROTEIN BINDING / MamA magnetosome Magnetotactic bacteria Nanostructure

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Desulfovibrio magneticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.37 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Cronin, S.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differing self-assembling protein nanostructures in soluble and crystal form reveal dynamic behaviour
著者: Cronin, S.L. / Navon, Y. / Zarivach, R. / Bitton, R.

履歴

登録	2016年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lfl.cif.gz	430.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lfl.ent.gz	356.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lfmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lfm-2 5lfm-5 5lfm-3 5lfm-1 5lfm-4 5lfm-6 2y3g-1 1ovz-1 3cgn-d 4zn1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Magnetosome protein MamA

B: Magnetosome protein MamA

C: Magnetosome protein MamA

D: Magnetosome protein MamA

E: Magnetosome protein MamA

F: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Magnetosome protein MamA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Magnetosome protein MamA

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.548, 150.548, 204.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	38 - 211	2 - 175
2	1	SER	SER	B	B	38 - 211	2 - 175
1	2	SER	SER	A	A	38 - 211	2 - 175
2	2	SER	SER	C	C	38 - 211	2 - 175
1	3	GLN	GLN	A	A	38 - 212	2 - 176
2	3	GLN	GLN	D	D	38 - 212	2 - 176
1	4	SER	SER	A	A	38 - 214	2 - 178
2	4	SER	SER	E	E	38 - 214	2 - 178
1	5	ASP	ASP	A	A	38 - 213	2 - 177
2	5	ASP	ASP	F	F	38 - 213	2 - 177
1	6	GLN	GLN	B	B	38 - 212	2 - 176
2	6	GLN	GLN	C	C	38 - 212	2 - 176
1	7	SER	SER	B	B	38 - 211	2 - 175
2	7	SER	SER	D	D	38 - 211	2 - 175
1	8	SER	SER	B	B	38 - 211	2 - 175
2	8	SER	SER	E	E	38 - 211	2 - 175
1	9	SER	SER	B	B	38 - 211	2 - 175
2	9	SER	SER	F	F	38 - 211	2 - 175
1	10	SER	SER	C	C	38 - 211	2 - 175
2	10	SER	SER	D	D	38 - 211	2 - 175
1	11	SER	SER	C	C	38 - 211	2 - 175
2	11	SER	SER	E	E	38 - 211	2 - 175
1	12	SER	SER	C	C	38 - 211	2 - 175
2	12	SER	SER	F	F	38 - 211	2 - 175
1	13	GLN	GLN	D	D	38 - 212	2 - 176
2	13	GLN	GLN	E	E	38 - 212	2 - 176
1	14	GLN	GLN	D	D	38 - 212	2 - 176
2	14	GLN	GLN	F	F	38 - 212	2 - 176
1	15	ASP	ASP	E	E	38 - 213	2 - 177
2	15	ASP	ASP	F	F	38 - 213	2 - 177

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Magnetosome protein MamA 分子量: 23246.576 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio magneticus (strain ATCC 700980 / DSM 13731 / RS-1) (バクテリア) 株: ATCC 700980 / DSM 13731 / RS-1 / 遺伝子: mamA, DMR_41160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C4XPQ7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.37→47.92 Å / Num. obs: 30293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 24.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

解像度: 3.37→47.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 38.317 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.914 / ESU R Free: 0.39 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21397	1612	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19633	-	-	-
obs	0.1972	30293	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.37→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8518	0	6	8	8532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.972	11704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.997	3	19672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.262	5	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.471	23.695	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.304	15	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.809	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11670	0.03
1	2	B	11670	0.03
2	1	A	11574	0.04
2	2	C	11574	0.04
3	1	A	11656	0.04
3	2	D	11656	0.04
4	1	A	11736	0.05
4	2	E	11736	0.05
5	1	A	11760	0.03
5	2	F	11760	0.03
6	1	B	11680	0.03
6	2	C	11680	0.03
7	1	B	11658	0.03
7	2	D	11658	0.03
8	1	B	11624	0.04
8	2	E	11624	0.04
9	1	B	11634	0.03
9	2	F	11634	0.03
10	1	C	11638	0.02
10	2	D	11638	0.02
11	1	C	11610	0.04
11	2	E	11610	0.04
12	1	C	11622	0.03
12	2	F	11622	0.03
13	1	D	11694	0.04
13	2	E	11694	0.04
14	1	D	11668	0.04
14	2	F	11668	0.04
15	1	E	11742	0.05
15	2	F	11742	0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.37→3.458 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	132	-
R_work	0.308	2181	-
obs	-	-	97.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8983	-0.4382	1.1827	3.4327	-1.6083	4.6123	-0.1419	-0.4435	0.3257	0.3757	0.1005	0.1333	-0.35	0.0664	0.0415	0.0942	-0.0221	0.0826	0.1216	-0.1146	0.1866	-46.284	47.46	17.341
2	2.9128	-0.914	1.2505	4.4139	-1.778	3.2898	-0.0072	0.3793	-0.4102	-0.4795	-0.006	0.0682	0.3284	0.1575	0.0132	0.1022	-0.0368	0.0869	0.1503	-0.1428	0.2236	-30.93	31.49	-4.137
3	3.7013	1.1632	2.2007	3.1519	1.0866	4.0893	-0.0901	0.1174	0.4843	-0.102	-0.0449	0.0803	-0.4222	-0.1072	0.1351	0.2029	0.0957	0.1437	0.0613	0.0553	0.3642	-39.857	-7.358	-0.017
4	2.1885	1.4516	0.4053	6.1724	0.2103	2.0755	0.031	0.2776	0.1679	-0.409	0.0955	0.083	-0.0776	-0.2253	-0.1266	0.361	0.1062	0.074	0.4376	-0.0101	0.1709	-20.882	56.061	47.322
5	3.6378	0.9591	2.2092	3.7446	0.9449	3.882	0.0722	-0.2491	-0.4708	0.4727	-0.0608	-0.2753	0.3468	0.1763	-0.0114	0.1993	0.1146	0.0706	0.1333	0.1097	0.3945	-31.974	84.619	21.495
6	1.9069	1.5527	0.5666	6.3614	-0.124	2.1907	0.1524	-0.3397	-0.1862	0.3101	0.0356	0.0759	0.1106	0.2842	-0.188	0.3407	0.1182	0.082	0.4096	0.0283	0.1893	-55.849	13.588	-30.237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	38 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	38 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	38 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	38 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	38 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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