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- PDB-4zn1: Crystal Structure of MjSpt4:Spt5 complex conformation A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zn1
タイトルCrystal Structure of MjSpt4:Spt5 complex conformation A
要素
  • Transcription elongation factor Spt4
  • Transcription elongation factor Spt5
キーワードTRANSCRIPTION / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribosome / structural constituent of ribosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #90 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / NusG, N-terminal domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 ...Rubrerythrin, domain 2 - #90 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / NusG, N-terminal domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / SH3 type barrels. - #30 / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Single Sheet / SH3 type barrels. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor Spt5 / Transcription elongation factor Spt4
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Guo, G.R. / Zhou, H.H. / Gao, Y.X. / Zhu, Z.L. / Niu, L.W. / Teng, M.K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical insights into the DNA-binding mode of MjSpt4p:Spt5 complex at the exit tunnel of RNAPII
著者: Guo, G.R. / Gao, Y.X. / Zhu, Z.L. / Zhao, D. / Liu, Z. / Zhou, H.H. / Niu, L.W. / Teng, M.K.
履歴
登録2015年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor Spt5
B: Transcription elongation factor Spt4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3003
ポリマ－24,2342
非ポリマー651
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.820, 84.820, 34.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor Spt5


分子量: 16158.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: spt5 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57818
#2: タンパク質 Transcription elongation factor Spt4


分子量: 8075.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: spt4 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57839
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 5000MME, propanol, MES, sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→37.93 Å / Num. obs: 6086 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EWG, 1RYQ, 1NPP

3ewg

1ryq

1npp


解像度: 2.8→37.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.284 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.525 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28247 290 4.7 %RANDOM
Rwork0.24222 ---
obs0.24392 5929 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1389 0 1 16 1406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9921911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97533069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7625192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.61326.81844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.08615218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.51153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2477.355783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2477.357782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.24411.018970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.24211.016971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2637.584622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2557.588620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.36311.28941
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.07157.0021419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.06857.0061420
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 21 -
Rwork0.379 449 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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