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万見
- PDB-6xiy: Crystal Structure of the Carbohydrate Recognition Domain of the H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xiy
タイトルCrystal Structure of the Carbohydrate Recognition Domain of the Human Macrophage Galactose C-Type Lectin Bound to methyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-1-thio-alpha-D-galactopyranose
要素C-type lectin domain family 10 member A
キーワードSIGNALING PROTEIN / CRD
機能・相同性
機能・相同性情報


fucose binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / endocytosis / carbohydrate binding / early endosome membrane / adaptive immune response / immune response / lysosomal membrane ...fucose binding / pattern recognition receptor activity / Dectin-2 family / D-mannose binding / endocytosis / carbohydrate binding / early endosome membrane / adaptive immune response / immune response / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatic lectin, N-terminal domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q3M / C-type lectin domain family 10 member A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Birrane, G. / Murphy, P.V. / Gabba, A. / Luz, J.G.
資金援助 アイルランド, European Union, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/IA/1398 アイルランド
Science Foundation Ireland16/IA/4419 アイルランド
European Regional Development Fund16/IA/4419European Union
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of the Carbohydrate Recognition Domain of the Human Macrophage Galactose C-Type Lectin Bound to GalNAc and the Tumor-Associated Tn Antigen.
著者: Gabba, A. / Bogucka, A. / Luz, J.G. / Diniz, A. / Coelho, H. / Corzana, F. / Canada, F.J. / Marcelo, F. / Murphy, P.V. / Birrane, G.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.country
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 10 member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,46012
ポリマ－14,8421
非ポリマー61811
水1,53185
1
A: C-type lectin domain family 10 member A
ヘテロ分子

A: C-type lectin domain family 10 member A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,92024
ポリマ－29,6842
非ポリマー1,23522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.289, 52.289, 113.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

CL

21A-522-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 10 member A / C-type lectin superfamily member 14 / Macrophage lectin 2


分子量: 14842.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC10A, CLECSF13, CLECSF14, HML / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUN9
#2: 化合物 ChemComp-Q3M / Methyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-1-thio-alpha-D-galactopyranose / N-[(1R,2R,3S,4R,6S)-2,3-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)-6-(methylsulfanyl)cyclohexyl]acetamide


分子量: 249.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H19NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM Magnesium chloride, 2.0 - 2.8M sodium chloride
PH範囲: 6.0 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月9日 / 詳細: BE CLR/SI ELLIPTICAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 8370 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.5 % / Num. unique obs: 826 / CC1/2: 0.899 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DV8

1dv8


解像度: 2.307→37.787 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.167 / SU B: 5.192 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.9434 / Average fsc work: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 894 10.709 %
Rwork0.1618 7454 -
all0.166 --
obs-8348 99.654 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.016 Å20.008 Å20 Å2
2--0.016 Å2-0 Å2
3----0.051 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→37.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1047 0 26 85 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.6461566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3321.612124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.9915.072138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17924.0367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62715157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg9.947152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.862153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0540.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0860.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5083.423531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4523.417527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1865.124657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1825.13658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0983.88631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0923.881632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3895.554904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.3835.555905
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.97438.3031344
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.9938.1971336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.307-2.3660.273820.21518X-RAY DIFFRACTION99.1736
2.366-2.4310.246700.191503X-RAY DIFFRACTION99.6522
2.431-2.5010.246650.181522X-RAY DIFFRACTION99.4915
2.501-2.5780.219380.159501X-RAY DIFFRACTION99.2634
2.578-2.6620.195670.15471X-RAY DIFFRACTION100
2.662-2.7550.203580.15476X-RAY DIFFRACTION99.8131
2.755-2.8590.225540.171446X-RAY DIFFRACTION100
2.859-2.9750.269350.183457X-RAY DIFFRACTION99.7972
2.975-3.1070.214460.164415X-RAY DIFFRACTION100
3.107-3.2580.198520.15402X-RAY DIFFRACTION99.7802
3.258-3.4330.219450.173390X-RAY DIFFRACTION99.7706
3.433-3.640.202250.158387X-RAY DIFFRACTION99.7579
3.64-3.890.16410.157339X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.1990.226490.147314X-RAY DIFFRACTION100
4.199-4.5950.18400.132296X-RAY DIFFRACTION100
4.595-5.1310.112330.107281X-RAY DIFFRACTION100
5.131-5.9120.154170.149263X-RAY DIFFRACTION100
5.912-7.2110.189380.174193X-RAY DIFFRACTION97.8814
7.211-10.070.157180.172177X-RAY DIFFRACTION100
10.07-37.7870.192210.277103X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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