PDB-2y3h: E63Q mutant of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y3h

タイトル

E63Q mutant of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs

要素

NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Nickel and cobalt resistance protein CnrR

機能・相同性情報

生物種

CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.892 Å

データ登録者

Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / de Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Metal Sensing by Cnrx.
著者: Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / De Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

履歴

登録	2010年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y3h.cif.gz	195.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y3h.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2y39C 2y3bC 2y3dC 2y3gSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3epv-1 4wwf-2 2yho-3 4q77-d 7c6s-d 3zg1-1 3aya-d 2gmq-d 5hod-d 7lke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

B: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

C: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

D: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

53.6 kDa, 4 ポリマー
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1

B: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

C: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

D: NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	31.968, 79.341, 93.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR / NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRX 分子量: 13310.889 Da / 分子数: 4 / 断片: METAL-SENSOR DOMAIN, RESIDUES 31-148 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア) 株: CH34 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37975
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 63 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 63 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 63 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 63 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 63 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 63 TO GLN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 16% PEG 2000MME, 15% GLYCEROL, pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→46.52 Å / Num. obs: 35627 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y3G

2y3g

解像度: 1.892→36.492 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES A31-A37, A148, B31-B39, C31-C39,C148, D31-D39,D147-D148

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	1785	5 %
R_work	0.1721	-	-
obs	0.1745	35583	95.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.391 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5892 Å²	0 Å²	-1.8831 Å²
2-	-	10.6667 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.0775 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.892→36.492 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3457	0	24	428	3909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	4861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.028	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8925-1.9436	0.3027	127	0.2277	2356	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9436-2.0008	0.272	135	0.2127	2601	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0008-2.0654	0.2529	129	0.1822	2527	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0654-2.1392	0.2266	154	0.1703	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1392-2.2248	0.2143	122	0.1596	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2248-2.3261	0.2117	131	0.1538	2615	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3261-2.4487	0.2056	151	0.1603	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4487-2.6021	0.2288	143	0.1725	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6021-2.8029	0.2229	134	0.171	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8029-3.0848	0.2131	137	0.1742	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0848-3.5309	0.2165	149	0.171	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5309-4.4473	0.188	139	0.1486	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4473-36.4986	0.2327	134	0.1937	2690	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0661	-0.0042	-0.0384	0.0006	0.0028	0.232	0.5974	-0.9531	1.6185	0.3165	-0.4894	1.1882	0.3036	-0.3314	-0.0053	0.2553	-0.145	0.1967	0.4644	-0.2396	0.7321	14.3806	17.6725	70.5828
2	0.5835	0.5047	0.1328	1.2871	-0.1488	0.1034	-0.0244	-0.0406	0.2631	-0.0853	-0.0821	0.1962	-0.0164	0.065	0.0566	0.0909	-0.0112	-0.0015	0.1082	-0.0069	0.1839	9.1049	12.1833	60.5281
3	0.6691	-0.1915	-0.8613	0.7424	-0.523	4.1024	-0.0128	0.0791	0.0024	0.1357	-0.0148	0.1019	0.2571	-0.7782	-0.0455	0.1392	-0.0281	-0.0042	0.1458	0.0298	0.1207	13.1271	0.7601	86.6127
4	0.5181	0.3068	-0.4055	1.3173	-0.7204	0.8417	0.0753	-0.1172	-0.021	-0.0375	-0.0412	0.1027	0.0829	0.1041	-0.0578	0.1998	-0.0066	0.0146	0.1255	0.0156	0.1346	22.2765	-1.2198	92.65
5	0.919	-0.0397	0.7205	0.4568	-0.9733	2.4316	-0.0639	-0.0867	0.1702	0.0748	-0.0043	-0.0286	0.0607	-0.2934	0.0831	0.1012	-0.0063	0.0109	0.0552	0.0076	0.1058	19.6231	8.6314	69.1035
6	0.3529	0.1165	-0.1457	0.0767	-0.0581	0.6789	-0.0196	0.0283	0.1347	0.056	0.1059	0.0264	-0.0907	0.0052	-0.0403	0.1954	-0.0004	-0.0214	0.0844	0.0256	0.1803	21.247	20.8993	61.8368
7	1.1292	-0.9202	-0.5911	1.5257	1.6935	2.1902	0.4868	-0.4928	0.0032	-0.2043	0.15	-0.5356	-0.1626	0.2866	-0.4796	0.1085	-0.0765	-0.0425	0.2138	0.0751	0.3283	35.5598	32.0723	38.2737
8	1.9555	-0.5892	-0.4985	0.2997	-0.1093	0.9602	-0.109	-0.1319	0.1315	-0.1657	0.0437	-0.1345	0.0892	0.0141	0.0233	0.1028	0.0133	0.0218	0.0953	0.0065	0.0799	39.3599	40.1985	30.2056
9	0.6495	-0.4335	-1.4247	0.9726	0.7279	3.1267	0.0108	-0.3763	0.0267	-0.1729	-0.1146	0.0745	-0.1643	0.6346	0.0308	0.119	-0.0195	0.0143	0.231	-0.0129	0.121	36.5525	48.2513	46.4043
10	0.7965	-0.3776	1.1309	0.5066	-0.6797	1.8704	0.0176	-0.0097	0.1427	0.3156	-0.2116	-0.0496	0.3903	0.272	-0.2809	0.25	-0.0852	-0.014	0.228	-0.0575	0.098	32.8934	52.6598	68.2432
11	0.0979	-0.2067	-0.3127	0.6531	0.8626	1.8506	0.0188	-0.1425	0.0597	-0.1108	-0.0123	0.0608	-0.1922	0.26	0.0179	0.108	-0.0327	0.0058	0.138	-0.0018	0.1136	27.3182	47.2669	51.746
12	2.0464	0.6173	-0.1067	0.752	1.1127	2.1434	-0.1263	0.2745	-0.4318	-0.0402	0.0287	-0.1627	0.457	-0.0745	0.0881	0.115	0.0015	0.0078	0.092	-0.0244	0.1209	26.5729	30.8827	35.3811
13	3.8685	-0.1347	-2.7573	1.173	0.4552	2.079	-0.5026	0.7323	-1.1204	-0.0591	0.3727	-0.2886	0.7588	-0.166	0.1897	0.2082	-0.0246	0.0265	0.4302	-0.11	0.35	34.4298	35.1007	72.4026
14	3.6087	-0.4885	0.631	0.9496	-0.8421	1.0106	-0.1827	-0.5068	-0.2436	0.3408	0.036	0.0644	0.3793	-0.1047	0.0954	0.3122	0.0231	0.0052	0.1774	0.0286	0.1406	25.2771	31.8938	83.0837
15	0.5901	0.028	-0.1435	0.7617	0.5913	4.2776	-0.0657	-0.0042	0.0876	0.1037	0.1267	0.0912	0.8503	-0.4687	-0.0484	0.2333	-0.0468	0.0034	0.1571	-0.0096	0.164	19.9495	33.7343	67.0536
16	0.3476	-0.0629	-0.5506	0.5233	0.4805	1.6713	0.0486	0.0729	0.1047	0.2167	-0.0799	0.0142	0.2549	-0.3791	0.0266	0.2041	-0.0729	-0.0302	0.142	0.0182	0.1592	17.6297	33.5232	44.2924
17	0.5464	-0.0289	-0.2042	0.6795	-0.1888	2.076	-0.0853	0.0049	-0.0574	0.0259	0.0236	0.0898	-0.1248	-0.6064	0.0732	0.1398	-0.0223	-0.0254	0.1767	0.0091	0.1129	17.6736	42.1489	46.2084
18	0.7034	-0.0036	1.0082	0.5808	-0.2977	1.524	0.021	0.0916	0.0799	-0.053	-0.0893	-0.1486	0.2321	0.2232	0.0673	0.0688	-0.0088	0.0066	0.2065	-0.0071	0.1093	31.7455	43.6463	73.5008
19	1.953	1.5903	0.4323	6.9491	-5.1979	5.5415	-0.0369	0.4343	1.0347	1.1251	0.2054	0.4501	-1.0857	0.3192	-0.0185	0.6027	-0.0708	-0.1717	0.323	0.1349	0.4762	12.992	17.0168	97.431
20	1.2728	0.9192	0.8859	0.7666	0.5217	2.3281	-0.3307	-0.2465	-0.1174	-0.0275	-0.3217	0.4911	-0.8686	-0.3943	0.4705	0.5834	0.0748	-0.0309	0.3534	-0.104	0.4253	18.4585	20.7655	110.1972
21	4.9188	-1.1327	-0.6388	1.9315	-0.0687	0.7075	0.2172	-0.2601	0.0903	0.227	0.2215	0.1491	-0.1393	0.1867	-0.2568	0.4849	0.0475	-0.056	0.4316	-0.0491	0.3078	25.829	19.2411	105.4144
22	0.8135	-0.1701	-0.7533	0.9599	-1.4006	6.0848	0.1997	-0.2429	-0.1185	0.2972	0.0925	0.1606	-1.2909	0.649	-0.1702	0.3304	-0.1163	0.0057	0.172	-0.0203	0.1782	28.5637	18.532	88.1426
23	0.3272	-0.0713	-0.215	0.0022	0.004	0.8592	-0.0407	-0.0004	-0.0086	0.0075	-0.0191	0.0262	0.0873	0.2966	0.0563	0.1075	-0.0156	0.0132	0.1286	0.0041	0.1238	26.9541	11.4858	81.7649
24	0.4193	0.0728	-0.2917	0.8114	-0.0491	1.3507	0.1535	-0.0708	0.1662	-0.0087	-0.0345	0.2331	-0.0082	-0.3736	-0.1302	0.123	0.0275	-0.0094	0.2629	0.0026	0.1541	11.0863	8.2941	102.7945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 40:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 46:68)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 69:92)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 93:106)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 107:126)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 127:148)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 39:52)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 53:62)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 63:76)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 77:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 95:123)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 124:148)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 40:51)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 52:61)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 62:74)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 75:93)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 94:109)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 110:148)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 40:49)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 50:57)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 58:63)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 64:80)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 81:127)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 128:148)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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