+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2y3h | ||||||
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Title | E63Q mutant of Cupriavidus metallidurans CH34 CnrXs | ||||||
Components | NICKEL AND COBALT RESISTANCE PROTEIN CNRR | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Nickel and cobalt resistance protein CnrR Function and homology information | ||||||
Biological species | CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.892 Å | ||||||
Authors | Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / de Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Structural Basis for Metal Sensing by Cnrx. Authors: Trepreau, J. / Girard, E. / Maillard, A.P. / De Rosny, E. / Petit-Haertlein, I. / Kahn, R. / Coves, J. #1: Journal: FEBS Lett. / Year: 2008 Title: X-Ray Structure of the Metal-Sensor Cnrx in Both the Apo-and Copper-Bound Forms. Authors: Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2y3h.cif.gz | 195.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2y3h.ent.gz | 158.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2y3h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2y3h_validation.pdf.gz | 462.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2y3h_full_validation.pdf.gz | 466.3 KB | Display | |
Data in XML | 2y3h_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 2y3h_validation.cif.gz | 32.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/2y3h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2y39C 2y3bC 2y3dC 2y3gSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13310.889 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: METAL-SENSOR DOMAIN, RESIDUES 31-148 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (bacteria) / Strain: CH34 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P37975 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 63 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 63 TO GLN ...ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 35 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8 / Details: 16% PEG 2000MME, 15% GLYCEROL, pH 8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.9797 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2009 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→46.52 Å / Num. obs: 35627 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.99 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2Y3G Resolution: 1.892→36.492 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.28 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES A31-A37, A148, B31-B39, C31-C39,C148, D31-D39,D147-D148
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.391 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.892→36.492 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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