PDB-3eba: CAbHul6 FGLW mutant (humanized) in complex with human lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eba

タイトル

CAbHul6 FGLW mutant (humanized) in complex with human lysozyme

要素

CAbHul6
Lysozyme C

キーワード

IMMUNE SYSTEM/HYDROLASE / ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX / IMMUNOGLOBULIN / nanobody / humanization / AMYLOID FIBRIL formation inhibition / Amyloid / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Disease mutation / Glycosidase / Hydrolase / Polymorphism / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / tertiary granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Loris, R. / Vincke, C. / Saerens, D. / Martinez-Rodriguez, S. / Muyldermans, S. / Conrath, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: General Strategy to Humanize a Camelid Single-domain Antibody and Identification of a Universal Humanized Nanobody Scaffold
著者: Vincke, C. / Loris, R. / Saerens, D. / Martinez-Rodriguez, S. / Muyldermans, S. / Conrath, K.

履歴

登録	2008年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eba.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eba.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/3eba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dwtC 3eakC 1op9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j7c-2 3omc-1 4pj2-1 5bop-2 4dx1-1 3woy-d 4jmi-d 4nyn-d 6jb2-d 4qiv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#162 - 2013年6月
ダームシジン (Dermcidin)
類似性 (1)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CAbHul6

B: Lysozyme C

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.670, 63.670, 119.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: 抗体	CAbHul6 分子量: 13851.210 Da / 分子数: 1 / 変異: E41G, R42L, G44W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: 抗体	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Aspergillu niger / 参照: UniProt: P61626, lysozyme
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	NO DBREF WAS GIVEN FOR PROTEIN MOLECULE A SINCE THIS IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN HAS VARIABLE REGION ...NO DBREF WAS GIVEN FOR PROTEIN MOLECULE A SINCE THIS IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN HAS VARIABLE REGION (SEE GB ENTRY GI:7263678). THE SEQUENCE CONTAINS MUTATIONS AS E41G, R42L AND G44W.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.909 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.909 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 23285 / Num. obs: 23285 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2320 / R_sym value: 0.402 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1op9

1op9

解像度: 1.85→14.82 Å
Isotropic thermal model: individual isotropic atomic B-factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used anisotropi B-factor correction and bulk solvent correction from CNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1833	-	random
R_work	0.211	-	-	-
all	-	23285	-	-
obs	-	23285	99.9 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.643 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.643 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	30	219	2178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0058
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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