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- PDB-4wwb: High-resolution structure of the Ni-bound form of the Y135F mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwb
タイトルHigh-resolution structure of the Ni-bound form of the Y135F mutant of C. metallidurans CnrXs
要素Nickel and cobalt resistance protein CnrR
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nickel sensor
機能・相同性Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / periplasmic space / CARBON DIOXIDE / FORMIC ACID / : / NICKEL (II) ION / Nickel and cobalt resistance protein CnrR
機能・相同性情報
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Volbeda, A. / Coves, J. / Maillard, A.P. / Kuennemann, S. / Grosse, C. / Schleuder, G. / Petit-Haertlein, I. / de Rosny, E. / Nies, D.H.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: Response of CnrX from Cupriavidus metallidurans CH34 to nickel binding.
著者: Maillard, A.P. / Kunnemann, S. / Groe, C. / Volbeda, A. / Schleuder, G. / Petit-Hartlein, I. / de Rosny, E. / Nies, D.H. / Coves, J.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5557
ポリマ－13,2961
非ポリマー2596
水4,216234
1
A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子

A: Nickel and cobalt resistance protein CnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,10914
ポリマ－26,5922
非ポリマー51712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4220 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.401, 32.401, 195.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-385-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nickel and cobalt resistance protein CnrR


分子量: 13295.874 Da / 分子数: 1 / 断片: Metal-sensor domain of CnrX / 変異: Y135F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: cnrR, cnrX, Rmet_6206, RMe0087 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37975

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非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, HEPES, sodium/potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979725 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.107→39.066 Å / Num. all: 42671 / Num. obs: 42671 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 5.069 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 358094
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.11-1.178.10.3332.24785759270.130.3337.396.4
1.17-1.248.70.2572.84921856890.0970.2579.498.2
1.24-1.328.60.1973.64655153920.0750.19711.498.8
1.32-1.438.60.1544.64401851070.0590.15413.599.3
1.43-1.578.60.116.24041547120.0440.111799.6
1.57-1.758.50.0867.63690443370.0350.08620.399.9
1.75-2.028.40.0698.63265938890.0280.06923.9100
2.02-2.478.10.05992698133270.0240.05927.7100
2.47-3.58.20.0539.72175926570.0210.05330.1100
3.5-39.0667.20.0538.91173216340.0230.05328.399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y39

2y39


解像度: 1.11→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / WRfactor Rfree: 0.1244 / WRfactor Rwork: 0.1087 / FOM work R set: 0.9483 / SU B: 0.595 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0257 / SU Rfree: 0.0248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1237 1980 4.7 %RANDOM
Rwork0.1083 40322 --
obs0.109 40322 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.99 Å2 / Biso mean: 8.822 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.11→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数887 0 11 260 1158
Biso mean--9.91 18.17 -
残基数----112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9721408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79432322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.285139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.76722.29561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91615192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1550.579484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1550.58483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3771.101611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.92632041
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.873547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.47452231
LS精密化 シェル解像度: 1.11→1.139 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.142 198 -
Rwork0.116 2786 -
all-2984 -
obs--97.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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