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万見
- PDB-4wnk: Crystal Structure of Bovine G Protein Coupled-Receptor Kinase 5 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wnk
タイトルCrystal Structure of Bovine G Protein Coupled-Receptor Kinase 5 in Complex with CCG215022
要素G protein-coupled receptor kinase 5
キーワードLIGASE / G protein-coupled receptor kinase 5 / hydrolase / phosphorylation / cardiovascular disease
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein-coupled receptor kinase / G protein-coupled receptor kinase activity / G alpha (s) signalling events / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / apoptotic process ...G-protein-coupled receptor kinase / G protein-coupled receptor kinase activity / G alpha (s) signalling events / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases ...GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-453 / G protein-coupled receptor kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Homan, K.T. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
American Heart AssociationN014938 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of G Protein-coupled Receptor Kinase 5 in Complex with a Rationally Designed Inhibitor.
著者: Homan, K.T. / Waldschmidt, H.V. / Glukhova, A. / Cannavo, A. / Song, J. / Cheung, J.Y. / Koch, W.J. / Larsen, S.D. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein-coupled receptor kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6333
ポリマ－69,0381
非ポリマー5962
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.106, 70.104, 182.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomeric G protein coupled-receptor kinase 5 as evidenced by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 G protein-coupled receptor kinase 5 / G protein-coupled receptor kinase GRK5


分子量: 69037.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK5, GPRK5 / プラスミド: PFastBacDual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43249, G-protein-coupled receptor kinase
#2: 化合物 ChemComp-453 / (4S)-4-{4-fluoro-3-[(pyridin-2-ylmethyl)carbamoyl]phenyl}-N-(1H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxamide


分子量: 499.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22FN7O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, ethylene glycol, PEG 3350 / PH範囲: 7.25-7.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 24217 / Num. obs: 24217 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.7 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 42.3
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 34.8 % / Rmerge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PNK

4pnk


解像度: 2.42→24.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 20.69 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24297 1235 5.1 %RANDOM
Rwork0.19379 ---
obs0.19635 22906 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→24.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 42 37 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.9835677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80539270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.445501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91923.575207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45815778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4111534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2644.0511998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2644.051997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3926.0722495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3916.0742496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8384.3892218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8264.3812215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5116.4363175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.88131.8514770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84731.8344765
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.425→2.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 89 -
Rwork0.232 1546 -
obs--96.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31121.4857-0.31096.4479-2.76685.0066-0.0338-0.116-0.37360.04220.34270.32610.5355-0.7602-0.30890.29210.00310.01380.44190.23510.1813-0.651-8.488-11.22
24.0408-0.22821.71451.6635-0.76482.2708-0.0850.1896-0.0233-0.06570.04820.0142-0.08970.08380.03680.15610.01240.06640.20720.04750.0429-6.68413.651-37.729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1A506 - 575
4X-RAY DIFFRACTION2A181 - 505
5X-RAY DIFFRACTION2A701
6X-RAY DIFFRACTION2A702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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