PDB-3nyn: Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 6 in Compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyn

タイトル

Crystal Structure of G Protein-Coupled Receptor Kinase 6 in Complex with Sangivamycin

要素

G protein-coupled receptor kinase 6

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / GRK / RGS homology domain / G protein-coupled receptor kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of signal transduction / Wnt signaling pathway / G alpha (s) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Tesmer, J.J.G. / Singh, P.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Molecular basis for activation of G protein-coupled receptor kinases.
著者: Boguth, C.A. / Singh, P. / Huang, C.C. / Tesmer, J.J.

履歴

登録	2010年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyn.cif.gz	458.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyn.ent.gz	382.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nyoC 2acx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nyo-2 3nyo-1 5lsf-d 7bg8-d 7be9-d 5oyp-d 5lk8-d 6egv-d 5cdd-d 6egx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: G protein-coupled receptor kinase 6

B: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: G protein-coupled receptor kinase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.590, 154.590, 207.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: SO4 / End label comp-ID: SO4 / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 585 / Label seq-ID: 3

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - K
2	B	B - T

#1: タンパク質	G protein-coupled receptor kinase 6 / G protein-coupled receptor kinase GRK6 分子量: 65981.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPRK6, GRK6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-Five / 参照: UniProt: P43250, G-protein-coupled receptor kinase
#2: 化合物	ChemComp-SGV / SANGIVAMYCIN / 4-amino-7-beta-D-ribofuranosyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carboxamide / サンギバマイシン分子量: 309.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O₅ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 10 mg/ml GRK6 mixed 1:1 with well containing 1.9 M AMS and 100 mM Bis-Tris, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 77021 / Num. obs: 45850 / % possible obs: 59.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2.7-2.75	4.8	0.351	1.2
2.75-2.8	4.3	0.368	4
2.8-2.85	4.1	0.323	7
2.85-2.91	3.9	0.313	10.5
2.91-2.97	3.9	0.351	14.7
2.97-3.04	4	0.324	19.3
3.04-3.12	4	0.343	25
3.12-3.2	3.9	0.284	32.5
3.2-3.3	3.9	0.289	40.6
3.3-3.4	3.9	0.266	54
3.4-3.52	3.9	0.26	78.7
3.52-3.66	3.8	0.228	100
3.66-3.83	3.8	0.198	100
3.83-4.03	3.8	0.156	100
4.03-4.28	3.8	0.107	100
4.28-4.62	3.8	0.078	100
4.62-5.08	3.8	0.075	100
5.08-5.81	3.8	0.082	100
5.81-7.31	3.8	0.06	99.9
7.31-40	3.7	0.041	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.72→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.953 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.7014 / ESU R: 0.709 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2384	2284	-	RANDOM
R_work	0.22709	-	-	-
obs	0.22709	45750	60.43 %	-
all	-	43466	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.517 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.75 Å²	2.38 Å²	0 Å²
2-	-	4.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8908	0	126	12	9046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.064	1.99	12452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.754	3	15956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.13	5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.219	23.591	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.162	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.431	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.021	10088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	1.5	5518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.068	1.5	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.639	2	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.765	3	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.365	4.5	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
3239	tight positional	0.18	0.05
4553	medium positional	0.33	0.5
3239	tight thermal	0.19	0.5
4553	medium thermal	0.22	2

LS精密化シェル

解像度: 2.715→2.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.495	154	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	2.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0618	0.0081	0.0756	0.032	0.1553	1.286	-0.0598	0.0541	0.0677	-0.0196	-0.0221	-0.0105	0.3276	-0.0196	0.0818	0.4554	0.0009	0.026	0.1379	0.0395	0.1223	-72.7098	25.6996	20.488
2	0.6128	0.0142	0.4734	1.6569	0.3012	2.3128	-0.0967	0.0777	0.1211	0.0625	0.081	-0.0388	-0.4064	0.7473	0.0157	0.2212	-0.2375	-0.0661	0.4045	-0.017	0.0851	-51.2647	50.3426	13.587
3	0.8611	0.3829	-0.5592	0.2247	-0.3213	1.2737	-0.2849	0.2808	0.0214	-0.0355	0.111	0.0482	-0.1016	0.2266	0.1739	0.3198	-0.2546	-0.0085	0.4902	0.1017	0.1176	-56.1777	50.6771	-42.5833
4	0.0485	-0.0506	0.035	3.1467	1.3596	0.6586	0.0673	0.1041	-0.0612	-0.1544	-0.0742	0.2394	-0.0059	0.1134	0.007	0.5488	0.0116	0.0148	0.294	-0.1804	0.1258	-65.7105	19.5926	-34.8066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	155 - 527
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	576 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	528 - 543
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	544 - 557
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	155 - 527
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	576 - 585
11	X-RAY DIFFRACTION	3	A	528 - 543
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 6
13	X-RAY DIFFRACTION	4	B	75 - 154
14	X-RAY DIFFRACTION	4	A	544 - 557

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関連情報:EMDBヘッダ

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