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- PDB-4wml: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae OMP synthase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wml
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae OMP synthase in complex with PRP(CH2)P
要素Orotate phosphoribosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PPC / Orotate phosphoribosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Bang, M.B. / Molich, U. / Hansen, M.R. / Grubmeyer, C. / Harris, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Saccharomyces cerevisia OMP synthase in complex with PRP(CH2)P
著者: Bang, M.B. / Molich, U. / Hansen, M.R. / Grubmeyer, C. / Harris, P.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotate phosphoribosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7653
ポリマ－25,3531
非ポリマー4122
水2,504139
1
A: Orotate phosphoribosyltransferase 1
ヘテロ分子

A: Orotate phosphoribosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5316
ポリマ－50,7062
非ポリマー8254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.560, 61.560, 132.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-438-

HOH

21A-449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotate phosphoribosyltransferase 1 / OPRTase 1


分子量: 25353.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: URA5, PYR5, YML106W, YM8339.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13298, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-PPC / 1-O-[(R)-hydroxy(phosphonomethyl)phosphoryl]-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-PHOSPHORIBOSYL-1-(BETA-METHYLENE) PYROPHOSPHATE / 1-O-[(R)-hydroxy(phosphonomethyl)phosphoryl]-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-[(R)-hydroxy(phosphonomethyl)phosphoryl]-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-[(R)-hydroxy(phosphonomethyl)phosphoryl]-5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 388.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M NaHEPES pH 7.5, 10 % Isopropanol, 20 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→33.14 Å / Num. all: 26807 / Num. obs: 26807 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.5 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 28.63
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PRY

2pry


解像度: 1.73→31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.707 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25017 1337 5 %RANDOM
Rwork0.21138 ---
obs0.21335 25402 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å2-0 Å2
2--1.68 Å2-0 Å2
3----3.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.73→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 23 139 1830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.9912351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93633969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1695220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30324.78971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73415319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.946158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5863.511871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5833.506870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1345.2461088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1325.2521089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2753.938867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.253.94863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4015.6951256
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.0428.5212074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.01328.3082031
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 100 -
Rwork0.33 1886 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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