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- PDB-4wkn: Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkn
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with methylthio-DADMe-Immucillin-A
要素Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TDI / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cameron, S.A. / Wang, S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM041916 米国
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: New Antibiotic Candidates against Helicobacter pylori.
著者: Wang, S. / Cameron, S.A. / Clinch, K. / Evans, G.B. / Wu, Z. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: A picomolar transition state analogue inhibitor of MTAN as a specific antibiotic for Helicobacter pylori.
著者: Wang, S. / Haapalainen, A.M. / Yan, F. / Du, Q. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Rinaldo-Matthis, A. / Brown, R.L. / Norris, G.E. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1802
ポリマ－26,8871
非ポリマー2931
水2,684149
1
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子

A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3614
ポリマ－53,7742
非ポリマー5872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
Buried area4660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.958, 156.958, 156.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / ...Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 6-amino-6-deoxyfutalosine N-ribosylhydrolase


分子量: 26886.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZMY2, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-TDI / (3R,4S)-1-[(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)METHYL]-4-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDIN-3-OL / (3R,4S)-1-[9-DEAZAADENIN-9-YL)METHYL]-3-HYDROXY-4-(METHYLTHIOMETHYL)PYRROLIDINE / (3R)-1β-(4-アミノ-5H-ピロロ[3,2-d]ピリミジン-7-イルメチル)-4β-(メチルチオメチル)ピロリ(以下略)


分子量: 293.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 % / 解説: cubes
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein (10 mg/mL); Reservoir (0.1 M Bicine pH 9.0 and 2.4 M ammonium sulfate); Cryoprotection (20% (v/v) glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22676 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.04 / Net I/av σ(I): 44.978 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 903055
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.03380.8115.7911170.9660.1330.8220.777100
2.03-2.0737.90.70611080.9720.1150.7150.854100
2.07-2.1138.40.66411080.9760.1080.6730.84100
2.11-2.1538.50.5411250.9880.0880.5470.827100
2.15-2.238.60.4611000.990.0750.4660.848100
2.2-2.2538.80.43811160.9910.0710.4440.926100
2.25-2.3138.80.38311240.9920.0620.3880.892100
2.31-2.37390.33811100.9930.0550.3430.877100
2.37-2.44390.30511240.9940.0490.3090.875100
2.44-2.5239.40.26911250.9960.0430.2720.897100
2.52-2.6139.70.21210970.9970.0340.2140.918100
2.61-2.7140.10.18511400.9980.0290.1880.972100
2.71-2.8440.90.15811220.9990.0250.160.98100
2.84-2.9941.80.13511320.9990.0210.1371.028100
2.99-3.1742.20.1111340.9990.0170.1111.225100
3.17-3.4242.40.0911490.9990.0140.0911.517100
3.42-3.7641.80.07114610.0110.071.433100
3.76-4.3140.80.051115010.0080.0521.472100
4.31-5.4340.60.04118510.0060.0411.343100
5.43-5039.70.034126410.0050.0351.0999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FFS

4ffs


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1585 / WRfactor Rwork: 0.1438 / FOM work R set: 0.8744 / SU B: 5.032 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1241 / SU Rfree: 0.1095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1786 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.1616 21462 --
obs0.1625 21409 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.48 Å2 / Biso mean: 25.386 Å2 / Biso min: 14.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 20 149 1922
Biso mean--19.42 31.55 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9752484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74734148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52125.73375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33515329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.097153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7091.678933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6991.677932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1122.5131169
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 78 -
Rwork0.19 1538 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.0896 Å / Origin y: 45.0353 Å / Origin z: -26.3273 Å
111213212223313233
T0.0356 Å2-0.0026 Å20.0023 Å2-0.0121 Å2-0.0183 Å2--0.0331 Å2
L1.4586 °20.0725 °20.544 °2-0.9274 °2-0.0162 °2--1.14 °2
S-0.0342 Å °-0.1141 Å °0.1983 Å °0.0912 Å °0.0162 Å °-0.0197 Å °-0.171 Å °0.0032 Å °0.018 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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