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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wk3 | |||||||||
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タイトル | Structure of Staphyloccus aureus PstA | |||||||||
![]() | PstA | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PII | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mueller, M. / Hopfner, K.-P. / Witte, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: c-di-AMP recognition by Staphylococcus aureus PstA. 著者: Muller, M. / Hopfner, K. / Witte, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14017.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 55% v/v MPD, 0.1 M sodium-acetate pH 4.3, 10 mM calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→70.2 Å / Num. obs: 5565 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.2 % / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 36.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3m05 解像度: 2.6→44.417 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.417 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.1327 Å / Origin y: 2.5644 Å / Origin z: 85.7914 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |